舞台裏トリビア
オリジナルの『赤』『青』『黄』では、エリート4を倒すとミュウツーへの洞窟が解放されていたが、リメイク版ではそれに加えて全国図鑑の入手と、セブ島からルビー・サファイアとの通信を行う必要がある。
ニビシティの博物館にある「スペースシャトル・コロンビア」の説明プレートは、2003年のコロンビア号事故を受けて単に「スペースシャトル」と変更されたが、この変更は日本版では行われていない。
ギャンブラーはギーマーに改名され、任天堂がギャンブルを連想させる要素を避けようとしたためだが、驚くべきことにスロットマシンで遊べるタワデシティのゲームコーナーはそのまま残されている。
本作は『ポケットモンスター リーフグリーン』（2004年）、『ポケットモンスター ファイアレッド』（2004年）、『ポケットモンスター エメラルド』（2004年）、『ポケットモンスター プラチナ』（2008年）、『ポケットモンスター ハートゴールド』（2009年）、『ポケットモンスター ソウルシルバー』（2009年）、『ポケットモンスター ブラック』（2010年）、『ポケットモンスター ホワイト』（2010年）、『ポケットモンスター ブラック2』（2012年）、および『ポケットモンスター ホワイト2』（2012年）と共に、ポケモン多元宇宙におけるノーマルタイムラインに位置づけられている。
リーフの主要女性キャラクターは、『ポケットモンスター アドベンチャーズ』のマンガや原作ゲーム『ポケットモンスター: レッド バージョン』（1996年）、『ポケットモンスター: グリーン バージョン』（1996年）、『ポケットモンスター: ブルー バージョン』（1996年）、および『ポケットモンスター: イエロー バージョン - スペシャル ピカチュウ エディション』（1998年）から削除された無名の女性キャラクターに基づいている。
本作はGame Boy用ソフト『ポケットモンスター: グリーン バージョン』（1996年）のリメイクであり、同作は日本国外ではリリースされなかった。