Samus Aran çenesinde bir güzellik iziyle görülüyor. Her ne kadar bazı hayranlar bunu tasarımına gereksiz bir yeni ekleme olarak görse de, ortak yaratıcı Yoshio Sakamoto'dan yıllar önce Samus hakkında kimsenin bilmediği bir sırrı açıklaması istendiğinde, o şunu söyledi: "I know where Samus'beauty mark is."
Pek çok hayran, bu özel girişte Samus Aran'ın karakterizasyonuyla alay etti ve bunun önceki bölümlerde canlandırılan karakterle tutarsız olduğunu söyledi. Spesifik şikayetler arasında, daha önce Ridley ile çok sayıda karşılaşmasına rağmen, Samus'un onu görünce açıklanamaz bir şekilde zihinsel bir çöküntü yaşaması da yer alıyor. Ancak diğerleri, Samus'un Super Metroid'deki (1994) dramatik olaylardan sonra (bebek Metroid'in ölümü) hala iyileşmemiş olan savunmasız zihinsel durumuna ve ergenlik döneminde önemli bir figür olan ve normalde metanetli olan Samus'ta duyguları tetikleyebilen birkaç kişiden biri olan Adam Malkovich'in varlığına dikkat çekti.
Oyun kronolojik olarak Super Metroid (1994) ile Metroid: Fusion (2002) arasında geçiyor. Daha sonra piyasaya sürülen Metroid Prime 4: Beyond (2025) oyunu da Other M'den sonra ancak Metroid: Fusion'dan önce geçiyor.
Samus'un Power Suit'i oyunun bazı dramatik anlarında aksaklıklar yaşıyor. Ortak yaratıcı Yoshio Sakamoto, 2004 yılında Samus'un kostümünün konsantrasyonundan güç aldığını, dolayısıyla duygusal stresin kostüm üzerindeki hakimiyetini kaybetmesine neden olduğunu açıkladı: "Samus'un Güç Elbisesi ile bağlantıda kalması, sıradan bir insanın anlayamayacağı zihinsel enerji gerektirir. Baskı altında olduğu durumlarda [.] aslında Samus bile zihinsel enerjisini konsantre edemez."
Orijinal olarak Zebes'ten gelmeseler de Zebes gezegenini fethettikten sonra orada yaşayan Uzay Korsanlarının alt grubu olan "Zebesian" teriminden oyun içinde ilk kez bahsediliyor. Uzay Korsanları normalde kendi başlarına hareket edebilecek ve etkili bir şekilde organize olabilecek kadar zeki ve iyi organize olmuşlardır (Prime serisinde görüldüğü gibi). Bununla birlikte, bu oyundaki Zebeslilerin sibernatik olarak geliştirildiği ve (klonlama, üreme veya koşullandırma yoluyla) vahşi, daha az zeki olacak ve orijinal komuta yapıları olmadan etkili bir şekilde bir araya gelemeyecek şekilde özel olarak yaratıldıkları, böylece Ana Beyin tarafından daha kolay kontrol edilebildikleri ima ediliyor.
Metroid Prime 3: Corruption'ın (2007) bir fragmanında, Super Metroid'deki (1994) Tourian'daki Ana Beyin'in inine son derece benzeyen, Aurora Ünitesi bulunan bir oda olan 'Geleceğin Aurora Kompleksi'nin planları gösteriliyordu. Her ne kadar Galaktik Federasyonun (GF) bu planlarla ne yaptığı franchise'da hiçbir zaman açıklanmamış olsa da, Uzay Korsanlarının planları ele geçirdiği ve onları Super Metroid (1994)'te Tourian ve Ana Beyni tam olarak bu spesifikasyonlara göre yeniden inşa etmek için kullandıkları (muhtemelen başka bir çalıntı Aurora Birimi ile Ana Beyni yeniden dirilttiği) kuvvetle ima ediliyor. Ve hiç görülmemesine rağmen, Metroid: Other M'de Sektör Sıfır'ın Tourian'ın sadık bir kopyası olduğu ve muhtemelen orijinal GF planlarına göre inşa edildiği belirtiliyor.