Ana kadrodan hiçbiri (yalnızca bir bölüm için imza atan Harry Hamlin dışında), senaryoyu alana kadar karakterlerinin herhangi bir bölümün sonuna kadar hayatta kalıp kalmayacağını bilmiyordu. Bir oyuncuya, karakterinin bir sonraki bölümde öldürüleceğini söyleme işi, senaryoda bunu okumalarına izin vermek yerine, ona "The Assassin" takma adını kazandıran Yürütücü Yapımcı Karim Zreik'e düştü.
Pilot sunuma dizi için yeşil ışık yakıldıktan sonra birçok rol yeniden düzenlendi: -Ryan Merriman'ın (Henry Dunn) yerini Christopher Gorham aldı. -Samantha Noble'ın (Trish Wellington) yerini Katie Cassidy aldı. -Bill Dow'un (Şerif Mills) yerini Jim Beaver aldı. -Gerard Plunkett'in (Thomas Wellington) yerini Richard Burgi aldı. -Bill Pullman'ın (Marty Amca) yerini Harry Hamlin aldı.
Harper's Island'ın tüm TV reklamları ve önizlemeleri, bunun yalnızca 13 bölümlük bir dizi olacağını, yani dizinin yalnızca bir sezonu olacağını ve son bölümde gizemli düşmanın ortaya çıkacağını gösteriyordu.
Bir röportajda şovmen Jeffrey Bell, çocuk olduğu için Madison Allen karakterini öldürme niyetinde olmadığını belirtti. Ancak Bell ve diğer yazarlar, Madison'ın akrabası olmadan hayatta kalmasının zalimce olacağına inandılar, bu yüzden annesi Shea bağışlandı.
27 cinayetten (yanlışlıkla kendini vuran Booth ve köprüden atlayarak intihar eden Chloe'yi saymazsak), hangilerinin nerede, hangi katil tarafından işlendiği tam olarak belli değil. Henry, Rahip Fain, Thomas Wellington, JD, Richard, Malcolm ve Katherine'i öldürdüğünü itiraf ediyor. Ayrıca iki bölümlük finalde Trish, Sully ve sonunda John Wakefield'ı öldürdüğü gösteriliyor. Bu arada Wakefield, Nikki, Shane, Cal, Şerif Mills ve Danny'yi öldürürken gösterilir. Katilin gösterilmediği veya itiraf edilmediği cinayetler arasında, Henry'nin çoğunun farklı yerlerde gösterildiği göz önüne alındığında, büyük olasılıkla Wakefield'ın sorumlu olduğu görülüyor. Ancak Henry'nin bunlardan bazılarını yaptığına dair bazı ipuçları da veriliyor, örneğin Lucy'yi yakmak için kullanılan Candlewick kibrit kutusu. Ek olarak Henry'nin kendisi de Abby tarafından öldürülür ve bu da onu iki ana katilin yanı sıra cinayet işleyen tek ek karakter haline getirir.
İlk bölümde, düğün davetiyesi yanlışlıkla Henry'nin ikinci harfini "W" olarak veriyor, muhtemelen onun John Wakefield'ın biyolojik oğlu olduğunun habercisi olan ince bir durum.
Diğerlerinin bahsettiğinin yanı sıra, Henry'nin katil olduğuna dair büyük bir ipucu, Madison kaybolduğunda kalan konuklara kalmaları ve Madison'ı bulmalarına yardım etmeleri gerektiğini söylemesi ve onları adadan çıkarmak için tekneyi kaçırmalarına neden olmasıydı.
Kelebek Etkisi 2'de Gina Holden (Shea Allen), David Lewis (Richard Allen) ve Chris Gauthier (Malcolm Ross) rol alıyor. Ayrıca Kelebek Etkisi'nden Callum Keith Rennie'nin (John Wakefield) bir fotoğrafı da yer alıyor.