Metroid geliştirmenin tüm aşamalarına ait örnekler, son aşama haricinde Kısıtlı Laboratuvar'da görülebilir: Bu aşamanın bir örneği, oyunun en sonunda bir boss düşmanı olarak görünür.
Fusion Suit fikri, geliştirme ekibi üyelerinin Samus'un kostümünün tasarımının bayatladığını hissetmesinden sonra ortaya çıktı. Ekip, bu kadar ikonik bir karakterde yapılacak köklü bir değişikliğin kendilerini mahvedebileceğini düşündüğünden, baş yönetmen Yoshio Sakamoto onları bu duruma evren içinde bir açıklama eklemeye teşvik etti.
Kısıtlı araştırma laboratuvarı çıkarılıp yok edildikten sonra oyuncu kendisini Bölge 1'de (SRX) bulur. Navigasyon odasına dönerken, yolunuzun üzerinde baloncuk görünümlü garip kabuklar bulabilirsiniz. Bunlar aslında Metroidlerin erimiş kabuklarıdır ve bunlardan biri oyuncunun oyunun sonunda karşılaştığı Omega Metroid olacaktır.
Metroid oyun serisi her zaman Alien serisiyle güçlü tematik benzerliklere sahip olmuştur. Bu oyunda en dikkat çekici olanı, Federasyonun Metroidleri tutma ve daha sonra askeri, tıbbi ve deneysel amaçlarla kullanmak üzere X parazitini toplama (kontrol dışında tehlikeli olduklarının farkına varmadan) planı, ilk üç Alien filminden Weyland-Yutani Company'nin kendi biyolojik silah bölümü için Uzaylıları ele geçirmek isteyen Weyland-Yutani Şirketi'ne benziyor. Sonunda, BSL Araştırma İstasyonu kendi kendini yok etmek için geri sayım yaparken, Samus büyük bir canavarla karşı karşıya kalır, kaçmanın hiçbir yolu yoktur, ancak tam zamanında bir gemi onu alır ve güvenli bir yere getirir; bu, Ellen Ripley'in LV-426'da Alien Queen ile mahsur kalmasına benzer, çünkü kendi kendini yok etmek için geri sayım yapar, ancak Aliens (1986) filminde süre dolmadan önce Bishop tarafından indirme gemisinde kurtarılır. Samus'un sonunda tüm X parazitlerini yok etmek için istasyonu SR388 gezegenine çarpmayı seçmesi, Ellen Ripley'in Alien³ (1992) filmindeki Uzaylı'yı Şirketin ellerinden uzak tutmak için yaptığı son fedakarlığa benziyor. Ve Samus'un hücreleri Metroid hücreleriyle birleştiğinde bu, Alien: Resurrection (1997) filmindeki Ripley'nin Uzaylıların çeşitli genetik özelliklerine sahip bir insan olarak tekrar klonlanmasına benziyor.
Metroidlerin ana dünyası olan SR388, büyük ihtimalle orijinal Alien (1979) filminde terk edilmiş uzay aracının bulunduğu gezegen olan LV-426'ya bir göndermedir.
Ridley, Samus Aran'ın baş düşmanlarından biriydi ve genellikle serinin her bölümünde son patronlardan biri olarak görev yapıyordu. Oyunun başlarında oyuncu, ana yerleşim güvertesinde derin dondurucuda bir deri bir kemik kalmış Ridley cesedini bulabilir. Aslında Ridley'nin bir klonu, Metroid: Other M (2010)'da görülen ve Fusion'ın ön bölümü olan Bottle Ship'den alınmış. Daha sonra klon bir X paraziti tarafından ele geçirilir ve oyuncunun oyunun sonuna doğru karşılaştığı korkunç bir Neo-Ridley oluşur.
Oyunda hiçbir zaman açıkça belirtilmemesine rağmen yapımcılar, Metroidlerin diğer gezegenlerde gelişebileceğini, ancak yaşam döngülerinin sonraki aşamalarına (Alfa, Gama, Zeta ve Omega Metroidlerin yanı sıra Kraliçe Metroid) yalnızca kendi ana gezegenleri olan SR388'de gelişebileceklerini açıkladılar. BSL istasyonunun SR388 gezegeninin yüzeyinin koşullarını yeniden yaratan özel bir yaşam alanına sahip olmasının nedeni budur. Bu aynı zamanda, SR388 yerine Zebes'te gerçekleşen Metroid (1986) (veya yeniden yapılan Metroid: Zero Mission (2004)) ve Super Metroid'de (1994) Metroid geliştirmenin neden başka hiçbir aşamasının görülmediğini de açıklıyor.
Oyunun tanıtımı, X parazitinin Samus'un Power Suit'inin organik bileşenlerine bulaştığını ve büyük parçalarını bozduğunu, bunların sistemiyle o kadar bütünleştiğini ve bunların yalnızca cerrahi olarak çıkarılabildiğini açıklıyor. Metroid aşısının daha sonra Samus'un Power Suit'inin dış görünümünü nasıl değiştirebileceği asla açıklanmıyor. Ancak yaratıcı Yoshio Sakamoto daha sonra Samus'un kıyafetinin normalde kalıcı bir nesne olmadığını, konsantrasyonundan güç aldığını açıkladı. Metroid aşısı Samus'un DNA'sını değiştirdiğinden, Samus'un Güç Elbisesini bir 'Füzyon Elbisesine'yansıtma biçimini de değiştirdi. Sonunda, Samus mağlup SA-X'ten Core-X'i aldığında, bu onun orijinal DNA'sını stabilize ediyor gibi görünüyor ve bu da Güç Takımının neden birdenbire normale döndüğünü açıklıyor. Devam filmi Metroid Dread'de (2021) açıklandığı gibi Metroid DNA'sı hala hareketsiz durumda.