Oyunun başlarında, bir grup askerin yüzeydeki mağaralardan birinde ölü yattığı görülüyor. Bu, Metroidleri yok etmek için gönderilen ancak kendilerinin öldürüldüğü Galaktik Federasyon Özel Filosu. Metroid II: Return of Samus'un (1991) kılavuzunda bunlardan bahsediliyor, ancak ekranda ilk kez gösteriliyorlar.
Proteus Ridley'in Metroid Prime'daki (2002) Meta Ridley ile aynı yaratık olduğu doğrulandı. Meta Ridley, Metroid'den (1986) (veya Metroid: Zero Mission'ın (2004) yeniden yapımı) Ridley'nin sibernetik olarak geliştirilmiş bir klonu olarak yeniden dirildi ve daha sonra Metroid Prime 3: Corruption'dan (2007) Omega Ridley'e dönüştü. Her karşılaşmada daha az mekanik parçaya sahip oluyor; buradaki fikir, vücudunun zamanla yenilenmesi ve sibernetik parçalara daha az bağımlı hale gelmesi; Super Metroid'e (1994) döndüğünde tüm mekanik implantlarını dökmüştü.
Oyunun ana menünün Galeri bölümünde 'Chozo Anılar'adı verilen özel bir özelliği var. Ana oyunda güçlendirmeler ve cephane genişletmeleri toplandığında, Chozo'nun gezegendeki geçmişini gösteren 11 fotoğraftan oluşan bir setin kilidi yavaş yavaş açılacak. Sırasıyla ilk on tanesi şunları tasvir ediyor: 1) Chozo'nun SR388'e inişi; 2) Chozo bilim adamları, ölü SR388 yaratıklarından salınan sarı Aeion Kürelerini keşfettiler; 3) Chozo, bir yeraltı tünel sistemini kazmak için kazma robotları (devasa Diggernaut dahil) yaratıyor; 4) Yerel faunayı enfekte eden ve Chozo'ya saldıran X parazitleri (Metroid: Fusion (2002)'de tanıtılmıştır); 5) Chozo bilim adamları ilk Metroid larvasını yaratıyor; 6) gösterime giren Metroidler, X parazitine ve birkaç enfekte yaratığa saldırır ve onları öldürür; 7) Chozo bilim adamları, Metroidler son serbest X parazitlerini bitirirken yerden gelen sarı bir ışığı gözlemliyorlar; 8) Metroidler düşmanca davranırlar (muhtemelen mağaralardan gelen sarı ışığın etkisiyle), sonraki aşamalara geçerek Chozo bilim adamlarına ve savaşçılarına saldırırlar; 9) Metroidleri mağaralarda kapalı tutmak için son bir girişimde, alt seviyeleri asidik mor sıvıyla dolduran Chozo Mühürlerini kuran bilim adamları; 10) Chozo bilim adamları, gizemli bir Chozo generalinin liderliğindeki Chozo savaşçılarından oluşan bir taburu yüzeyde karşılıyor. On birinci resmin kilidi açılır açılmaz bir çığlık sesi duyulur, ekran kırmızı bir ton alır, müzik uğursuz bir hal alır ve resimde generalin Silah Topu ile infaz ettiği Chozo bilim adamları gösterilir, bu da onun kötü niyetli bir Chozo grubunun parçası olduğunu düşündürür. Bunun Metroid Dread (2021) için bir kurgu olduğu duyuruldu ve generalin yeniden ortaya çıkacağı onaylandı.
Oyunun kasasını açtığınızda, ön ve arka kapakları çıkarabiliyorsunuz ve karşı taraflarda orijinal Gameboy oyunundan orijinal Metroid II: The Return of Samus kutu resmi görünüyor. Arka tarafta ayrıca orijinal Metroid II'den alınan ekran görüntüleri de yer alıyor.
Oyun, orijinal Metroid II: Return of Samus'ta (1991) bulunmayan iki boss dövüşünü içeriyor: Diggernaut, devasa bir Chozo madencilik robotu ve Proteus Ridley ile son bir savaş.
Metroid oyun serisi her zaman Alien serisiyle güçlü tematik benzerliklere sahip olmuştur. Bu oyunda en dikkat çekici olanı, Alien (1979)'da olduğu gibi muhtemelen ikinci bir düşman uzaylı türü yüzünden yok olmuş akıllı bir uzaylı uygarlığının işaretleri var; Prometheus'ta (2012) olduğu gibi medeniyetin düşman türleri kendisinin yarattığına dair kanıtlar var; Zeta Metroidler, ince ve uzun bir kafaya, güçlü dişlere ve tehlikeli tükürüğe sahip bir ağza, uzun bir kuyruğa sahip dört ayaklıdır ve Alien serisindeki Xenomorph'lara çok benzer şekilde kaya yüzeylerine tırmanma yeteneğine sahiptirler; ve Metroidlerin, Aliens (1986) filmindeki Alien Queen'e benzer şekilde bir Queen Metroid aracılığıyla çoğaldıkları ortaya çıktı.
Metroid II: Return of Samus'un (1991) bu yeniden yapımındaki oynanışa yeni eklemeler şunlardır: serbest nişan alma; yakın dövüş karşı saldırı gerçekleştirme yeteneği (Metroid: Diğer M (2010)'ye benzer); Morph Ball yükseltmesi (Samus'un orijinal oyunun başından beri sahip olduğu); Hücum Işını, Kıskaçlı Işın, Süper Füzeler, Yerçekimi Elbisesi, Güç Bombaları ve Güç Bomba Topunun görünümü; Hızlı seyahate olanak sağlayan Işınlanma İstasyonları; Dört yeni kıyafet yeteneği için yakıt görevi gören Aeion Küreleri: Tarama Darbesi, Yıldırım Zırhı, Işın Patlaması ve Faz Kayması; ve mor asidik sıvıyı azaltan ve öldürme kanıtı olarak bir miktar Metroid DNA'sı eklenir eklenmez alt bölgelere erişim sağlayan Chozo Seals (orijinal oyunda, belirli sayıda Metroid öldürülür öldürülmez sıvı açıklanamaz bir şekilde azalıyordu). Chozo Seals ayrıca bir Metroid dedektörü gibi davranarak canlı bir Metroid'in bulunabileceği bir yerin yakınındaki haritada bir ara nokta gösterir.
Bu, Metroid II: Return of Samus'un (1991) şimdiye kadar yaratılan ilk yeniden yapımı değil. 'Another Metroid 2 Remake' (veya AM2R) adlı hayran yapımı bir yeniden çevrim, serinin 30. yıl dönümüne denk gelecek şekilde Ağustos 2016'da ücretsiz olarak indirilebilir olarak yayınlandı. Oyun mükemmel eleştiriler almasına rağmen, resmi olmayan bir yeniden yapımdı ve bu nedenle bir telif hakkı ihlali teşkil ediyordu, bu nedenle Nintendo tüm indirilenlerin kaldırılmasını emretti. Resmi yeniden çevrim olan Metroid: Samus Returns, bir yıl sonra yayınlandı.