Harry Potterの舞台裏トリビア199選
ハリー・ポッター役のキャスティングは最大の難関で、5,000人の少年がオーディションを受けたものの、誰もしっくりこなかった。プロデューサー兼監督のクリス・コロンバスは『デビッド・コパーフィールド』（1999年）でダニエル・ラドクリフを見て、キャスティング・ディレクターにその映像を見せ、ラドクリフこそ適役で、彼は素晴らしいと伝えた。しかし彼女は、彼の両親は学業に専念させたいと考えており、注目を浴びることも望んでいないので、彼を獲得するのは無理だと答えた。そこで彼らは世界中のさまざまな国籍のハリー・ポッター候補と面接を重ねたが、依然として見つからなかった。彼女はラドクリフに固執するコロンバスにいら立っていた。まったくの偶然から、本作のプロデューサーのデヴィッド・ハイマンと脚本家が劇場に出かけると、最前列にラドクリフが父親と座っていた。彼らは話をし、徐々に彼を説得してラドクリフを起用することになった。
これまでで彼のお気に入りのハリー・ポッターシリーズの本は3作目の『ハリー・ポッターとアズカバンの囚人』だ。
ダニエル・ラドクリフは、本作がハリー・ポッターシリーズで一番のお気に入りではないと認め、「自分の演技は一本調子で、自分が慢心してしまったこと、やろうとしていたことがまったく表れなかったことが分かる」と語った。
8歳の時に最初のハリー・ポッターの本を読もうとしたが、読み終えることができなかった。映画の主役にキャスティングされた時に、ようやく全編を読破した。
ハリー・ポッター映画のプロデューサーであるデヴィッド・ハイマンは、偶然にもダンとダンの父親アラン・ラドクリフが出席していた舞台に居合わせた。ハイマンはラドクリフを見つけた後、2人は知り合いだったため、彼の息子を紹介された。ハイマンはダニエルを見て、この役にぴったりだと思った。実際、その夜の舞台で、ハイマンはダンがハリー役に完璧だと思ったので、じっと見つめずにはいられなかった。ダニエルはオーディションを受け、今最も知られている役、ハリー・ポッターを獲得した。
ダニエル・ラドクリフは最後の2作のハリー・ポッター映画で合わせて5000万ドルを受け取った。これは『ハリー・ポッターと賢者の石』（2001年）での彼のギャラの50倍に当たる。
ダニエル・ラドクリフは、これがハリー・ポッターシリーズで一番のお気に入りだと認めている。
ハーマイオニーに偉大な魔法使いと呼ばれているにもかかわらず、ハリーは映画全体を通して（意図的に）呪文を一度も唱えていない。動物園で誤ってガラスを消し、杖を買おうとしてオリバンダーの店でいくつかの事件を引き起こすが、映画の中で意図的に呪文を成功させて唱えることはない。
ダニエル・ラドクリフは、ハリー・ポッター役を獲得したことを浴槽に入っている時に知った。
J・K・ローリングは自身のウェブサイトで、鏡のエリス像のシーンでハリーの母リリー役を依頼されたが、自分は女優ではないし「どこかで台無しにしてしまっただろう」として断り、代わりにジェラルディン・サマーヴィルがその役を務めたことを明かした。
彼は2014年のインタビューで、『ハリー・ポッターと謎のプリンス』（2009年）の撮影中にアルコール問題を抱え始め、その結果映画での自身の演技が損なわれたことを率直に認めた。2010年8月、日常生活を送る上でアルコールへの依存が強くなっていることに気づき、自らの意思で禁酒した。
ダニエル・ラドクリフは、本作と『ハリー・ポッターと不死鳥の騎士団』がお気に入りの映画だと認めている。
ダニエル・ラドクリフは、年を取ると役に合わなくなると思っていたため、すべての映画でハリーを演じるとは思っていなかった。しかし、結局8作すべてに主演した。
クリス・コロンバスは、ハリー・ポッター役にどんなタイプの子供を望むかと聞かれると、『デビッド・コパーフィールド』（1999）からダニエル・ラドクリフの映像クリップを使って、こういう子がいいと示した。
ハリー・ポッター映画の2作目と3作目の撮影の間に遅れが生じたのは、彼の両親がしばらく普通の学校に通わせたかったためだ。
彼はハリー・ポッターの共演者であるルパート・グリント、エマ・ワトソン、ボニー・ライト、トム・フェルトン、マシュー・ルイス、ゲイリー・オールドマンと仲が良い。
ハリーが9と3/4番線がどこかを車掌に尋ねようとしている時、プラットホームで車掌と話している女の子を抱いた女性は、ハリーの母リリー・ポッターを演じている同じ女優である。
本作では、ハリーの額の傷跡が中心からずれている。これはJ・K・ローリングの要望によるものだ。彼女の本の表紙のアートワークのせいで、多くの人が彼の傷跡は額の中心にあると思い込んでいる。しかし、本には傷跡が額のどこにあるか正確には書かれていない。
作曲家アレクサンドル・デスプラのお気に入りのハリー・ポッターキャラクターはドビーだ。
ハリー・ポッター映画の間、ダニエル・ラドクリフは160組の眼鏡を使った。
ダニエル・ラドクリフが最初にハリー・ポッター役にキャスティングされた時、映画製作者たちは本に書かれているように彼の目を自然な青ではなく緑に見せるため、コンタクトレンズを使おうとした。ダニエルは試着した際に痛みを伴うアレルギー反応を起こしたため、そのアイデアは却下された。その後、製作者たちはポストプロダクションでデジタル処理で目を変えることを検討したが、面倒な作業になると分かっていた。彼らはJ・K・ローリングに問題を相談し、彼女はハリーの目が緑であることは必須ではなく、ただ母親の目を持っていることだけが重要だとありがたく伝え、関係者全員が安堵した。
映画製作者たちは、小説の描写に子供たちの外見を近づけるため、ダニエル・ラドクリフ（ハリー・ポッター）に緑色のコンタクトレンズを装着させ、エマ・ワトソン（ハーマイオニー・グレンジャー）に偽の出っ歯を着けさせようと、さらに一歩踏み込んだ試みをした。しかし、ラドクリフの目がコンタクトに強く反応し、ワトソンは偽の歯を入れると明確に話せなかったため、これらのアイデアは中止された。
ハリー・ポッター役の俳優を探すのは大きな難題で、5,000人のオーディションを見てもしっくりくる人はいなかった。監督のクリス・コロンバスは『デビッド・コパーフィールド』（1999）でラドクリフを見て、それをキャスティング・ディレクターに見せ、「彼しかいない、本当に素晴らしい」と語った。しかし彼女は、両親が学業に専念させたいと考え、注目を浴びることも望んでいないので、彼は獲れないと答えた。そこで世界中のさまざまな国籍のハリー・ポッター候補を面接したが、それでも見つからなかった。彼女はラドクリフに固執するコロンバスにいら立っていた。まったくの偶然から、『賢者の石』のプロデューサーと脚本家が劇場に出かけると、最前列にラドクリフが父親と座っていた。2人は彼と話し、少しずつ説得してラドクリフを起用するに至った。
リアム・エイケンは当初ハリー役に決まっていたが、1日後に彼がイギリス人ではないことが判明し、オファーは取り消された（エイケンは以前、クリス・コロンバス監督の『グッドナイト・ムーン』（1998）で一緒に仕事をしていた）。
彼は最初に「ハリー・ポッター」の本を読んだとき、それを嫌っていた。
ハリーの稲妻型の傷跡は、映画シリーズの終わりまでにメイクチームによって約5,800回施された。ダニエル・ラドクリフには2,000回施され、残りはスタントダブルやスタンドインに施された。
ハグリッドは最初、ダドリー・ダーズリーをハリー・ポッターと間違え、ダドリーは「ハリーじゃない」と言う。これは本にはない展開で、ダドリーを演じるのがハリー・メリングであることから、おそらく内輪ネタだろう。
『ハリー・ポッターとアズカバンの囚人』（2004）、『ハリー・ポッターと炎のゴブレット』（2005）、『ハリー・ポッターと不死鳥の騎士団』（2007）で共演したゲイリー・オールドマンの大ファンである。
ダニエル・ラドクリフ（ハリー・ポッター）はインタビューで、ゲイリー・オールドマン卿がシリウス・ブラックを演じると初めて聞いたとき、ゲイリーの性格は過去の映画の役柄に似ていると思い、怖かったと語った。実際に会ってみると、彼はとても優しい人だと分かり、ショックを受けた。
魔法使いのパブ「漏れ鍋」で、ハリーとハグリッドがバーに入ると、バーテンダーがハグリッドに「いつものだね」と言う。これは、ハグリッドが頻繁に酔っ払っていた本へのオマージュかもしれない。
ハリーのフクロウ、ヘドウィグはこの映画では一度も名前で呼ばれないが、ジョン・ウィリアムズが作曲したメインテーマ（他のすべての映画でも聞ける）は「ヘドウィグのテーマ」と呼ばれている。
ハリーや3人組が登場するシーンのほとんどは時系列順に撮影されたが、主な例外は次の通り：この映画の最後のシーン、3人組がホグワーツ特急で帰る場面は最初に撮影され、続いてハリーが9と3/4番線で初めて機関車を見るシーン（実際の列車が必要だった唯一の他のシーン）が撮られた。その後、クィディッチの試合が最後に撮影されたが、これは主に視覚効果部門がどうやって撮るか解明するのに時間がかかったためである。
ダニエル・ラドクリフのハリー・ポッター役や他の映画の吹き替えを担当したブラジルの著名な声優カイオ・セザールは、軍の警官でもあり、2015年にリオデジャネイロのアレマン複合施設のスラムで首を撃たれて27歳で亡くなった。
プロデューサー兼監督のクリス・コロンバスは、『デビッド・コパーフィールド』（1999）でダニエル・ラドクリフを見てから、オープンキャスティングが行われる前に主役に起用したいと思っていたが、スージー・フィギスから、ラドクリフの過保護な両親は息子に役をやらせないだろうと言われていた。コロンバスは、ラドクリフに役を与えることに固執したことがフィギスの辞任につながったと説明した。ラドクリフは2000年、デヴィッド・ハイマンとスティーヴ・クローヴスがロンドンの『Stones in His Pockets』の公演で彼と両親に会った際にオーディションを依頼された。ハイマンとコロンバスは、ラドクリフの両親に息子がメディアの侵入から守られるとうまく説得し、両親はハリー役を演じることに同意した。
ダニエル・ラドクリフは『ハリー・ポッターと秘密の部屋』が一番好きな本だと語っている。
言語学者のフランシス・ノーラン博士が、この作品と蛇語が登場する他のハリー・ポッター映画のためにパーセルタング語を考案した。
監督のアルフォンソ・キュアロンは、3人の主演俳優を知るために、それぞれに自分のキャラクターについて一人称視点でエッセイを書かせた。エマ・ワトソンは、さすがハーマイオニーらしく、少し度を越して16ページのエッセイを書いた。ダニエル・ラドクリフはハリーのように1ページの簡単な要約を書き、ルパート・グリントはロンのように提出すらしなかった。
この映画でハリーは呪文を一切唱えないが、蛇と話すなどいくつかの魔法を無意識に使っている。これは彼が生まれつきの魔法使いだが訓練を受けていないため、ホグワーツに通わなければならないことを示すためのものだ。2作目から8作目まで、ハリーは17歳の誕生日まで退学の脅しのもと、ホグワーツ外での魔法の使用を禁じられている。
最初の6作のハリー・ポッター映画でスタントダブルを務めたデヴィッド・ホームズとは親友である。
ネタバレを含むトリビア
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映画の出来事は1992年半ばから1993年半ばまでに起こる。ハリーが送られたシーンは1943年に起きた。
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（約56分）ハリー（ダニエル・ラドクリフ）とジニー（ボニー・ライト）は『死の秘宝』映画の前後編でそれぞれ1回ずつキスをする。パート1では結婚式前のキッチンで、この映画では戦いの最中の階段で。
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（約1時間40分）この映画にダニエル・ラドクリフのヌードシーンがいくつか含まれるという誤報があり、ファンの間でこの映画がより厳しいレーティングを受けるのではないかと推測された。実際はそうではなかった。ハリーとハーマイオニーがキスする幻影がロンを思いとどまらせようとするシーンでは、ラドクリフとエマ・ワトソンが2人ともヌードに見えるが、実際は2人ともジーンズを着用しており、ワトソンは完全にトップレスにならないようストラップレスのブラジャーを着けていた。監督のデヴィッド・イェーツは、キャラクターが霧で部分的に隠れるため、完全なヌードは必要なかったと述べた。
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ゴブレット・オブ・ファイアにハリーの名前を入れたのはムーディーに変装したバーティ・クラウチ・ジュニアだと明かされるものの、どうやってゴブレットを騙してハリーを選ばせたのかは作中で明言されない。セドリックがホグワーツの代表に選ばれており、ゴブレットは各校1名しか指名できないからだ。説明に最も近いのは「並外れて強力な混乱の呪文でしか[ゴブレットを]欺けない」という発言である。小説でもこの疑問に明確な答えはないが、有力なヒントが1つある。ムーディーことクラウチ・ジュニア自身が、誰かがゴブレットに魔法をかけてハリーを「第4の学校」の唯一の参加者として受け入れさせ、競技の最中にハリーが命を落とすことを期待して確実な候補にしたのではないかと示唆している。
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冒頭でハリーはヴァーノンに、学校用だと称して書類を差し出す。その後、マクゴナガルが生徒をホグズミードへ連れて行こうと集める場面で、彼女はハリーの参加を拒む。親か保護者の署名入り許可証がないからだ。つまりハリーがヴァーノンに見せていた書類はホグズミード行きの許可証だったことになる。映画では明言されないが、原作の終盤でシリウスが法的な名付け親としてハリーの許可証に署名し、ホグワーツの教師たちはそれを快く受け入れる（シリウスが無実だと知っているため）。これが後の映画でハリーが問題なくホグズミードに入れる理由である。
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映画シリーズで死の呪文を唱えるホグワーツの生徒はグロイルだけだ。必要の部屋で彼はハーミオネにその呪文を放ち、殺そうとする。ハリーがロケットを破壊しようとしてこの呪文を使ったのはハリー・ポッターと死の秘宝 PART1（2010）でのことで、その時彼はもうホグワーツには通っていなかった。
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マージおばさんがハリーの両親を侮辱する場面で、彼女がジェームズをけなすとペチュニアおばさんも愛想笑いを浮かべるが、リリーの話になると笑みを止める。恨みを抱いていたとしても、ペチュニアは妹を恋しく思っており、そのことは数年後、ハリー・ポッターと死の秘宝 PART1（2010）で本人がハリーにこう語っている。「あの夜ゴドリックの谷で母親を失ったのはあなただけじゃないのよ。私も妹を失ったの」。
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メイキング写真には、クィレル教授の後頭部に張り付いたヴォルデモートの姿が別デザインで写っている。こちらの版ははるかに動物的な特徴を備え、特にヒョウのような鼻先と、大きな門歯が並ぶ巨大な顎が目立っていた。これは後に変更され、イアン・ハートが声と顔のモーションキャプチャを担当し、顔はCGで合成された。ハリーの両親の死の回想シーンではリチャード・ブレマーがヴォルデモートを演じた。
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時計と時間はこの映画の重要なモチーフである。ホグワーツの大きな時計塔に加え、作中では要所で別の時計が鳴り、重要な出来事の訪れを告げる。たとえばダーズリー家の鳩時計はハリーがマージおばさんを膨らませた時に鳴り、ホグズミードの酒場の大時計はハリーがシリウス・ブラックが自分の名付け親だと知ったまさにその時に鐘を打つ。
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冒頭のシーンでハリーは呪文の練習をしている。魔法界の法律では、17歳未満がホグワーツの外で魔法を使うことは禁じられている。この法律は他のハリー・ポッター映画と原作2作品で重要な伏線となった。Chamber of Secretsではダーズリー家でドビーが魔法を使った後にハリーが警告を受け、Order of the Phoenixでは守護霊の呪文を使った後にハリーが懲戒聴聞へ呼び出される。
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魔法省での戦闘シーン序盤、ハリーがルシウス・マルフォイの杖をはじき飛ばすと、シリウスは「よくやった、ジェームズ」と言う。これはスネイプの記憶の中で、ジェームズが逆さ吊りにされて辱めを受ける場面に、シリウスがハリーの父ジェームズに語りかけるのとまったく同じ言葉である。
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ハリーとロンがスリザリンのロケットを破壊しようとする場面のために、40種類のロケットが製作された。
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（約2時間10分の時点）ドビー（トビー・ジョーンズ）の最期の言葉は「ハリー・ポッター」であり、これはハリー・ポッターと秘密の部屋（2002）で初めて彼に出会う時に発する最初の言葉でもある。
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（約1時間5分の時点）1時間5分あたり、決闘クラブの稽古でスネイプ、ロックハート、ハリー、ドラコが行う礼は、フェンシングの礼をアレンジしたものである。
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映画ではハリーはクィレルが死ぬのを目撃するが、原作ではクィレルが死んだ時ハリーは意識を失っていた。このためハリー・ポッターと不死鳥の騎士団（2007）で、骸骨馬のセストラルが見える能力に関して矛盾が生じた。本来ハリーはハリー・ポッターと炎のゴブレット（2005）でセドリック・ディゴリーの死を目にするまでセストラルを見ることはできなかったからだ。しかし実際には、当時「不死鳥の騎士団」の原作は未刊行だった。原作が出版されたのは2003年、本作の公開から2年後のことなので、映画スタッフがこの事実を知る由もなかったのである。
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衣装デザイナーのジャニー・テマイムは、3人の主要キャラクターそれぞれの衣装にカラースキームを設け、性格をより明確に描き出そうとした。ハリーの服はグレー、白、黒といったニュートラルな色でまとめられた。ハリーは自分自身にどこか居心地の悪さを感じており、明るい色は着ないだろうと考えたからだ。ロンの服は茶、オレンジ、赤といった暖色系で、母親がかつてセーターを編んでくれたことや、そのスタイルが今も彼の中に生きていることを反映している。ハーミオネのカラースキームは青、ピンク、ベージュで、ハリーとロンの色とのバランスを取るとともに、ハーミオネの女性らしい一面も少し見せる狙いがあった。
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ブラック家は魔法界でも屈指の名家だ。「男系は絶えて」おり、事実上その姓を名乗る者はいないが、本作にはこの家に連なる登場人物が数多くいる。シリウス・ブラック（ゲイリー・オールドマン卿）は1シーンだけ再登場する。いとこにあたるのがベラトリックス・ブラック・レストレンジ（ヘレナ・ボナム＝カーター）とその妹ナルシッサ・ブラック・マルフォイ（ヘレン・マックロリー）で、その息子ドラコ・マルフォイ（トム・フェルトン）も当然この一族に連なる。ニンファドーラ・トンクス（ナタリア・テナ）はアンドロメダ・ブラックの娘。カリドーラ・ブラックはネビル・ロングボトム（マシュー・ルイス）の祖父ハーファング・ロングボトムと結婚した。ドレア・ブラックがチャールズ・ポッターと結婚したことで、ジェームズ（エイドリアン・ローリンズ）とハリー（ダニエル・ラドクリフ）もこの家の一員となっている。皮肉なことに、セドレラ・ブラックはセプティマス・ウィーズリーと結婚しており、互いに憎み合うウィーズリー家とブラック家も親戚同士なのである。
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（約1時間28分の場面）ハリーが日記に書き込んでトム・リドルとやり取りする場面で映る筆跡は、ダニエル・ラドクリフ本人のものではない。クリス・コロンバス監督はラドクリフの字がハリーらしくないと感じ、代わりにエキストラの筆跡を使った。
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ハリー、ロン、ハーマイオニーは、ポリジュース薬でクラッブとゴイルに成りすまし（それによってドラコから情報を聞き出せる）どう立ち回るかを相談している。目的はドラコがスリザリンの継承者かどうかを突き止めることだ。その後ハーマイオニーは図書館へ行き、「Most Potente Potions」という本を手に取る。彼女が手を伸ばす本のすぐ右隣には、背表紙に「TOM」とだけ記された本が並んでいる。ヴォルデモートは、闇の帝王となってからはトム・リドルを自らの二次的で劣る身分と見なしている。
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子どもたちはユール・ボールのワルツのために約3週間ダンス練習を重ねた。しかしダニエル・ラドクリフはほぼ全シーンに登場するため、この課題の準備に充てられたのはわずか4日間だった。彼はいくつかのインタビューで、自分のダンスが主に腰から上しか映らない理由（ぎこちない足元を見せないため）としてそれを挙げている。幸い大きな問題にはならなかった。もともとハリーはダンスの達人という設定ではなかったからだ。
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（約27分の場面）27分あたり、本作にヴォルデモートは登場しないものの、ハリーたちが階段を上って太ったレディが歌うのを見つける場面で、画面右下に彼の動く肖像画が確認できる。
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（約1時間2分の場面）本作では、レイブンクローの髪飾りは厳密に言えば2人によって破壊された唯一の分霊箱だ。ハリーがバジリスクの牙で刺し、その後ロンがゴイルの放った炎の中へ蹴り込んだのである。
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（約57分の場面）57分あたり、ハリーが必要の部屋に入る場面の左下には、『ハリー・ポッターと賢者の石』（2001）でロンが乗った騎士の像がある。さらに、『ハリー・ポッターと秘密の部屋』（2002）でギルデロイ・ロックハートが放ったコーンウォールのピクシーたちも置かれている。このセットは全作の小道具だけで作られており、その数は約72箱分に及ぶ。
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ハリーがチョウと一緒にいて言い寄っている場面では、ジニーが嫉妬している様子が描かれる。これは、のちに2人が恋人同士になる『Harry Potter and the Half Blood Prince』（2009）への伏線となっている。
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ヴォルデモートが分霊箱としてハリーを殺した後、ハリーはパーセルタングを話す能力を失った。
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ハリーとロンが謹慎処分を受けるのは、これが2度目にして2作目のことだ。ハリーは『ハリー・ポッターと不死鳥の騎士団』（2007）でも、「嘘」をついたことと「ダンブルドア軍団」を教えたことを理由にアンブリッジからさらに2度の謹慎を受ける。ロンとハーマイオニーは同作でそれぞれ3度目、2度目の謹慎を、「ダンブルドア軍団」の一員であったために言い渡されている。
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ハリーが攻撃呪文を一切唱えないのは、ハリー・ポッターシリーズで本作だけである。
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原作ではハリー、ハーマイオニー、ネビル、ドラコが謹慎のためハグリッドと共に禁じられた森で一夜を過ごすが、映画ではネビルがロンに置き換えられている。これは原作の未使用部分が理由で、そこではロンがドラゴンのノーバートに噛まれて医務室へ行かねばならず、代わりにネビルが謹慎となる。ハリーやハーマイオニーと同じく門限後に外で見つかったためだが、皮肉にもその理由は、ドラコが2人を罠にかけようとしていると警告したかったからだった。
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ハリーがトムの日記から学び、襲いかかるクモに対して使ったアラニア・エクスマイの呪文は、原作には登場しない。
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ドビーの墓石のそばでハリーがガラス片に映る自分の姿を見つめる冒頭の場面、その反射にアバーフォース・ダンブルドア（キアラン・ハインズ）の姿が一瞬映り込む。これは後にアバーフォースの鏡の破片と明かされ、その反射はハリーたちを見守る彼の姿だったのである。
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ハリーは最終的に生き残るが、彼が最後のセリフを口にしないのはハリー・ポッターシリーズで本作だけである（代わりに息子のアルバス・セブルス・ポッターが言う）。なお原作の結末では、残りが地の文であるものの、最後に発せられるセリフはハリーが口にしている。
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クライマックスでハリーは、死んだピーター・ペティグリューが映っていたことを根拠に忍びの地図は嘘をついていると主張する。だがシリウスは「地図は決して嘘をつかない！」と答え、その存在を知っていることをうかがわせる。ルーピンも以前に地図を認識していたことが強く示唆されるが、映画でその理由は十分に説明されない。さらに忍びの地図には「ムーニー、パッドフット、プロングズ、ワームテール各氏」と記されているが、最後の1人（ピーター・ペティグリュー）を除き、最初の3人の正体は明かされない。原作では重要な背景情報だっただけに意外である。4人の忍びとはルーピンとその3人の友人、ジェームズ・ポッター、シリウス・ブラック、ピーター・ペティグリューだった。ルーピンは狼人間（ゆえに「ムーニー」）だったため、他の3人はアニマガスとなって動物に姿を変える術を学び、ルーピンに寄り添い、変身中もそばにいられるようにした（狼人間が危険なのは人間だけで、他の動物には害がない）。ジェームズは牡鹿のプロングズ（その特質は息子ハリーのパトローナスにも受け継がれた）、シリウス・ブラックは犬のパッドフット、ピーター・ペティグリューはいかにもわかりやすく鼠のワームテールだった。彼らは力を合わせて忍びの地図も作り、ホグワーツの城と敷地を気づかれずに探検できるようにしたのである。
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映画の冒頭で、ハリーは『ハリー・ポッターと賢者の石』（2001年）の最後にハグリッドからもらった写真アルバムを眺めている。最初に見る写真は、両親のジェームズとリリーが赤ん坊のハリーを抱いているものだ。カメオ出演した俳優は誰もクレジットされていない。
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（約1時間16分）ハグリッドがハリーを弁護するためにダンブルドアの執務室に飛び込んでくる場面で、彼は手に死んだ雄鶏を持っている。これは、本ではハグリッドがすべての雄鶏が死んでいるのを見つけるシーン（映画ではカット）への参照だ。雄鶏の鳴き声はバジリスクにとって致命的である。
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（約1時間29分）トム・リドルがハリーを日記に吸い込み、50年前に連れ戻す場面で、日付は6月13日である。これは巧妙な挿入で、ハリーの2年生の時にこれが起こった時点から50年前の6月13日は実際に金曜日だった。
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ダニエル・ラドクリフは、ハリーが最も尊敬していた教師への敬意の表れとして、『アズカバンの囚人』でルーピン教授（デヴィッド・シューリス）が授業で着ていた服装に似たある種の服を着るというアイデアを思いついた。デヴィッド・イェーツ監督はこの提案を気に入り、それがこれらのシーンでの彼のルックの基礎となった。
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ルパート・グリントは演じるキャラクター同様、重度のクモ恐怖症で、ロンとハリーがアラゴグの巣穴にいるシーンをまだ全部見られていない。そのシーンでのロンの怯えた表情や落ち着かない身のよじり方は演技ではなく、クモのことを考えただけでのグリントの本当の反応である。
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ハリーが持っていた鏡の破片は、アバーフォースの鏡の一部であるはずがない。アバーフォースはマンダンガスからシリウスの（おそらく無傷の）鏡を買ったからだ。ハリーの破片は実際、元の一対の鏡のうち彼自身の割れた部分の残りだった。
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ハリーが鏡の中で両親を見るシーンでは、本によれば家族全員が映るはずだった。しかし、ダンブルドアがハリーが一人で鏡と過ごしているのを見つけるとき、鏡の枠の裏側が映るため、彼が家族全員を見ていることが示唆される。本では、ハリーはダンブルドアに鏡に何が見えるか尋ね、ダンブルドアは自分が靴下の一対を持っているのが見えると答え、それはいつももらう本の代わりに欲しい贈り物だと言う。ハリーは後にダンブルドアが冗談を言っていたのかもしれないと思う。
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（約2時間25分）ハリーが靴下をなくしたことを明かすシーンのために、ダニエル・ラドクリフは脚を剃る必要があった。
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多くのハリー・ポッターのファンは、ドビーの死をシリーズで最も悲痛なシーンだと考えている。
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本では、ハリーは迷路の中でスフィンクスに遭遇し、その謎を解かなければならないが、映画にはスフィンクスは登場しない。
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（約1時間40分）ジニーとハリーが必要の部屋に入る場面で、彼らの後ろに見覚えのある鏡が見える。その形は最初の映画と本の「エリス鏡」と同じだ。
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ヴォルデモートとその信奉者たちは血統の純粋さを非常に重視する。皮肉なことに、ヴォルデモート自身は混血で、母親は魔女、父親はマグルだった。これは実際には本でより重要な問題だ。ハリーが聞く予言はもっと長く、「闇の帝王を打ち負かす力を持つ者は、彼に3度立ち向かった者たちの間に生まれ、7番目の月が死ぬときに生まれる」という一節を含む。ダンブルドアは後に、この記述はネビル・ロングボトムにも当てはまったかもしれないと説明する。彼も7月生まれで、両親も3度ヴォルデモートに立ち向かったからだ。しかし、ヴォルデモートはおそらくハリーの方により惹かれた。ハリーも混血の魔法使い（純血の父、マグル生まれの母）であるのに対し、ネビルは純血だったからだ。ハリーを標的にすることで、ヴォルデモートは皮肉にも「彼を自分と同等と印し」（傷跡で）、彼を打ち負かす力を与え、まさに破壊しようとしたものを生み出した。
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多くのファンは、ハリーが駅にいる場面に不快感を示している。本のように、まだダーズリー家にいる間にシリウスを悼む方が理にかなうと言う。本ではダンブルドアが訪れ、ハリーがグリモールド・プレイスにあるシリウスの古い家を相続したと説明し、屋敷しもべ妖精のクリーチャーを呼び出して確認する。クリーチャーは今ハリーに従い、ハリーが所有者であることを証明する。ダンブルドアはまた、ハリーが17歳の誕生日後にダーズリー家を永久に離れると説明する。その時彼は成人し、母の保護魔法が解けるのだ。駅のシーンは実際には本へのオマージュで、ハリーは列車に乗るのが好きで、「気を紛らわせてくれた」と言っていた。
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この映画の結末でシリウスがハグリッドのヒッポグリフで逃げるのは、実は『ハリー・ポッターと賢者の石』（2001年）の冒頭の逆転だ。そこではハグリッドが空飛ぶバイクで到着し、本によればそれはシリウスから借りたものだった。
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（約2時間）ハリー（ダニエル・ラドクリフ）が洞窟でダンブルドア（マイケル・ガンボン卿）に呪いの水を無理に飲ませる場面で、ダンブルドアが「私のせいだ！全部私のせいだ！」と言うのが聞こえる。最終巻『死の秘宝』で、ダンブルドアの妹が、彼と兄と親友が決闘中に流れ弾の呪いで死んだことが明かされる。彼が常に自分を責めていた心理的トラウマである。
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ハリーが石を拾った後、ヴォルデモートの魂が彼を襲う。ヴォルデモートが死ななかったのは分霊箱のためだが、J・K・ローリングは『ハリー・ポッターと謎のプリンス』までこれを明かさなかった。
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この映画で、スネイプがハリーの母リリーを長く愛していたことが明かされた。その俳優と女優は、『クローズ・マイ・アイズ』（1991年）でも別の奇妙な恋愛関係を共有していた。
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本では、最初の課題はハリーがホーンテールを混乱させて金の卵を取るために単に円を描いて飛ぶだけだった。この映画では課題が拡張され、ドラゴンが逃げ出してハリーをホグワーツまで追いかけ、ハリーはドラゴンに殺されかける。しかしハリーはドラゴンを橋に衝突させ、ホーンテールはおそらく死んだと思われるほど落下する。さらに、本とは異なりドラゴンの卵はなく、ドラゴンは単にチャンピオンが金の卵を取るために通過するのを防ごうとしていることが示唆される。
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（約14分の場面）ハリー、ロン、ハーマイオニーがダンブルドアの年齢について話すとき、ロンは「150歳くらいだろ、数年は誤差があるけど」と言い、まるで冗談のように皆で笑い出す。これはJ・K・ローリングがインタビューで明かした数字とまったく同じ。彼女は後に自身のウェブサイトで、ダンブルドアは死去時115歳だったと公式に述べている。
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（約20分の場面）ダイアゴン横丁で栗を焼いている小さなドラゴンは、ハリー・ポッターと炎のゴブレット（2005）の三大魔法学校対抗試合の第1課題でハリーが対峙したハンガリー・ホーンテールのミニチュア版だ。
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ハリーとヴォルデモートが禁じられた森で対面する場面では、原作の記述どおり、ハリーは「ヴォルデモートが意図せずして作ってしまった分霊箱」も破壊するために、ヴォルデモートに殺されることを受け入れなければならない。テキストには、ハリーが身を守る試みを一切してはならず、同じ理由から分霊箱の届かない場所としてポケットに杖を入れておかねばならないことが、きわめて明確に記されている。映画のこの場面ではハリーが右手に杖を持っているため、このプロット上の要点は無効になっている。
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本作のより暗く尖った雰囲気はメインタイトルからすでに示唆されている。ワーナー・ブラザースのロゴが近づく場面で「ヘドウィグのテーマ」がクレッシェンドした後、ハリー・ポッターのロゴが現れるとともに、テーマはまったく新しく静かな編曲へと移り、ハリー・ポッターと賢者の石（2001）の既存の編曲と比べてかなり不吉で不穏な響きになっている。また「and the Chamber of Secrets」のサブタイトルは、低音弦が入る瞬間に明かされる。
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（約1時間16分の場面）1時間16分あたり、ウィーズリー氏（マーク・ウィリアムズ）のマグル製品の物置には、とりわけ2台のレミントン・ノイズレス・ポータブル・タイプライターとHP LaserJet 4が置かれている。興味深いことに、ハリーのイニシャルは「H.P.」だ。
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（約16分の場面）本作の序盤、16分あたりでハリーは、エジプトにいるウィーズリー一家の写真付き新聞記事を目にする。その後二度と触れられないが、これは原作では非常に重要なプロットポイントだ。アズカバンの視察中、魔法大臣コーネリアス・ファッジがその新聞の一部を持っており、クロスワードパズルをやりたがっていたシリウス・ブラックに渡した。シリウスはスキャバーズに化けたピーター・ペティグリュー／ワームテールを即座に見分け、裏切り者の友がまだ生きていると悟って復讐を決意する。ディメンターはシリウスがアニマガスであることを知らず、動物の思考も感じ取れないため、シリウスは犬の姿に変身して逃げ延びた。
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原作シリーズでは、ハリー・ポッターは長く乱れた髪をしているとされている。ダニエル・ラドクリフは本作で、シリーズ全体を通じて最も髪が長く乱れており、おそらく原作のハリーに最も近い姿に見える。ハグリッドが彼に「たまにはとかしてみたらどうだ」と言うのも、そのためかもしれない。
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ハリーとロンが暴れ柳に激突する場面を撮影するため、14台のフォード・アングリアが破壊された。
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映画ではハーマイオニーが箒で飛ぶ姿は一度も描かれないが、原作ではハリーとロンとともに箒に乗り、飛ぶ鍵を捕まえに行く。
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映画の終盤、セドリックの死後、三大魔法学校対抗試合について誰も口にしなくなる。原作ではハリーとセドリックが同点首位だったが、セドリックの死によりハリーが事実上の優勝者と宣言される。ハリーは大金を与えられるが、セドリックの死に強い罪悪感を抱き、その金をセドリックの両親に申し出る。両親は丁重に断り、代わりにハリーはその金をウィーズリーの双子に渡し、ジョークショップを開くという夢の実現を手助けする。
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（約1時間21分の場面）ハーマイオニーとハリーがダンスをする有名な場面は本作のために書き下ろされたもので、脚本家スティーヴ・クローヴスのオリジナルアイデアであり、原作小説には登場しない。この場面はプロデューサーのデヴィッド・ハイマンがシリーズで最も好きな瞬間の1つに挙げており、ダンスに選ばれた曲はニック・ケイヴ・アンド・ザ・バッド・シーズが演奏する「O Children」だ。
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（約2時間25分の場面）2時間25分あたり、終盤にルシウス・マルフォイがハリーに呪いをかけようとして「アバダ…」とつぶやく。第4巻で語られているとおり、これは「アバダ・ケダブラ」、すなわち死の呪いという許されざる呪文の冒頭だ。これではマルフォイが、生徒や教師でごった返す学校の真ん中で、逃げ道もないまま本気で子どもを殺そうとするほど愚かだったように見えてしまう。しかしジェイソン・アイザックスが複数のインタビューで説明したところによれば、原作小説には彼が使う具体的な呪文は記されておらず、当時ちょうど第4巻を読んでいたため、思い出せた呪文がこれだけだったのだ。つまり結局のところ、この場面でハリーの命を救ったのはドビーということになる。
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2009年12月12日、本作のBlu-ray購入者向けに「BD-Live」を使った特別上映イベントが開催され、これは史上初の試みだった。Blu-rayで本作を視聴しながら、ダニエル・ラドクリフとデヴィッド・バロン（体調不良のデヴィッド・イェーツの代理）のライブ音声を聴けるというもので、2人は上映を見守りながら進行役を務めた。そこでは上映中にシリーズ全体のさまざまな側面について語られ、視聴者からの質問にも答えた。この上映で明かされた、本作に関するごくわずかなトリビアの中には次のようなものがある。本作で生徒たちが飲む「バタービール」は、実際には「J2O」というイギリスで有名なフルーツ飲料に、偽の泡を上に乗せたもの。ただし、計画中のハリー・ポッターのテーマパーク向けに公式の「バタービール」が製作中である。ある場面でロンの口元についている泡は卵白で作られた。ダニエルは、ケネス・ブラナーから受けた助言により、そうした場面で「本物の涙」を出そうと決して試みないと認めている。代わりに、望む効果を引き出すために演技と「業界の裏技」に頼っている。ダンブルドアの Pensieve の中の奇妙な「液体」は完全にCGIで作られた。洞窟でダンブルドアが飲む、あの非常に苦しい液体は、実際には水で薄めた牛乳にすぎず、CGI部門が視覚的に「調整」を加えたもの。バロンは、鳥がホグワーツを去る場面のために、デヴィッド・イェーツと作曲家が原作の描写にふさわしい特定の「フェニックスの歌」のスコアを作ろうと「何か月も」試みたとコメントした。いくつもの異なる案が作曲され試されたが、結局ほとんど諦めて、今作のラストで聴けるこの非常にシンプルなスコアに落ち着いた。
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ダンブルドアがハリーに「炎のゴブレットに自分の名前を入れたのか」と怒りを込めて問い詰めるシーンは、ダンブルドアらしくないとファンから強い批判を浴びただけでなく、多くのミームを生み出した。これらのミームは主に、このシーンの原作と映画での違いに焦点を当てている。原作ではダンブルドアが「穏やかに」質問する様子が明確に描かれている。
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ドビーが埋葬された後、ハリーは1人で埋葬場所に残り、墓に小さな石を置く。墓に小石を置くことは、追悼と敬意の印として行われる古代ユダヤの習慣である（ハリー・ポッターはユダヤ人キャラクターではないが、彼を演じるダニエル・ラドクリフは自身をユダヤ人と考えている）。この映画の制作後、このシーンの撮影場所（ウェールズ・ペンブルックシャー、フレッシュウォーター・ウェスト・ビーチ）はハリー・ポッターのファンの巡礼地となり、訪問者はドビーに捧げる数百の小石を残していった。しかし2019年後半、ナショナル・トラストは、訪問者の急増がビーチの環境に悪影響を及ぼしているとして、祠と記念の石を撤去することを決定した。特に海洋生態系に打撃を与えたのは、ビーチに残された数千足の靴下だった。靴下は、誤って食べてしまうカメやアザラシなどの海洋動物を簡単に死に至らしめる。
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（約1時間50分の時点）最後から2番目のシーンで、ハリーがニワトコの杖を破壊し、橋から投げ捨てるのがわかる。しかし原作では、彼はその杖を自分の杖の修復に使っている（その杖で満足していると彼は主張する）。ニワトコの杖だけが壊れた杖を修復できる杖だったからだ。その後、彼はニワトコの杖をダンブルドアの墓に戻し、自然死することを望む。これにより杖は正当な持ち主を失い、その力を失うことになる。
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ナイトバスに乗っているとき、縮んだ首がハリーに「エンドウ豆のスープを注文したら、スープに食べられる前に必ず食べるんだぞ」と警告する。後にフォッジと話す際、彼はハリーにエンドウ豆のスープを勧めるが、ハリーは頑なに断る。
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映画の最後で、ハリーはドビーに二度と自分の命を救おうとしないと約束するよう求める。ドビーは微笑むが、口に出して約束はしない。『ハリー・ポッターと死の秘宝 PART1』では、ドビーはベラトリックスのナイフで刺され、ハリーの命を救って死ぬ。
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ハリーが忍びの地図を持ってホグワーツを歩き回っているとき、地図上の動く足跡によってピーター・ペティグリューが近づいてくるのを見るが、彼の姿を直接見ることはない。これは後に、ペティグリューがロン・ウィーズリーのペットのネズミ、スキャバーズの姿でこっそり通り過ぎたと説明される。彼はその姿で12年を過ごしていたのだ。このことは（議論の余地はあるが）、地図上では彼の存在が人間の靴の足跡よりも動物の足跡でより正確に表されることを示唆している。しかし、原作でも映画でも、地図はほとんどの魔法の隠蔽を見破ることができると示されている。『炎のゴブレット』の小説では、地図はポリジュース薬で変装した人物の本当の身元を正確に表示する。また、映画の地図は人間だけを表示し、動物は表示しないことに注意されたい。エンドクレジット中のギャグでは、ホグワーツ周辺のいくつかの動物の動きがそれぞれの足跡で示されているにもかかわらず。
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当初、撮影用脚本は、ダンブルドアが殺された後にハリーが彼の杖を手に入れるという内容だった。撮影開始直前にシリーズ最終巻が出版され、ダンブルドアの杖とその所有者が重要な問題となることが判明したため、脚本を変更する必要があった。
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これはダンブルドアがハリー・ポッターの名前を一切口にしない唯一の映画である（ハリー、ポッター君、ハリー・ポッター君、ハリー・ポッターとは言うが、ポッターとは言わない）。しかし、全員が大広間で眠っているシーンで、スネイプがハリーに警告すべきかどうかをダンブルドアに尋ねたとき、ダンブルドアはハリーを「彼」と呼んでいる。
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ダニエル・ラドクリフはコンタクトレンズが使えないため、ハリーが憑依されるシーンでは彼の目はデジタル処理で変更された。
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マクゴナガル教授がグリフィンドールの男子と女子にダンスを教えるとき、ジニー・ウィーズリーが最前列でハーマイオニーから数席離れて座っているのが見える。原作では舞踏会は4年生以上のみ参加可能だったが、3年生のジニーは4年生のネビル・ロングボトムに誘われたため参加できた。マクゴナガルは当初、伝統に従いチャンピオンがユールボールのダンスを始めるとハリーに伝えてユールボールを発表する脚本だった。ハリーが「女の子と？」と信じられない様子で尋ねると、マクゴナガルは望むならネビルを連れて来てもいいと答える。このシーンは変更され、マクゴナガルが土壇場でハリーに舞踏会を始めなければならないと伝える内容になった。
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墓地でヴォルデモートが復活したとき、彼は左手でハリー・ポッターと決闘する。シリーズを通して彼がそうするのはこの時だけである。
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叫びの屋敷は内部が完全に荒廃し、落書きされているが、映画ではその理由も、シリウスとルーピンがなぜ暴れ柳の根元のトンネルからそこへ入る方法を知っているのかも明確に説明されていない。原作では、ダンブルドア教授が若きルーピンに、人狼に変身する間は毎月、誰も傷つけないよう特別に建てた小屋に閉じこもることを条件にホグワーツでの勉強を許可したと説明されている。暴れ柳は他の生徒が入れないようトンネルの入り口に植えられ、毎月ルーピンが吠えたり内部を暴れ回ったりする音がすぐに「屋敷は幽霊が出る」という評判を定着させた。実際、ダンブルドアは人々が近づかないようこれらの噂を奨励した。ルーピンの友人のジェームズ、シリウス、ピーターは彼の秘密を知ると、毎月小屋で彼に加われるようアニマガスになった。人狼は動物にとって危険ではないからだ。原作では、ハリーはスネイプがジェームズとシリウスに対して抱く憎しみの性質も知る。スネイプがルーピンが毎月小屋に向かうことを知ったとき、シリウスは冗談でスネイプにルーピンを追って秘密を探るよう促した。これがスネイプを死なせる可能性があると気づいたジェームズは、人狼姿のルーピンに襲われそうになったスネイプを辛うじて救った。スネイプは常にシリウスとジェームズに恨みを抱き、彼らが自分を死に追いやろうとしたが、スネイプの身を案じたからではなく退学を恐れて考えを変えたのだと思っていた。
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ハリー（ダニエル・ラドクリフ）が教職員テーブルのスネイプ（アラン・リックマン）を見て傷跡が痛むとき、実はヴォルデモート（リチャード・ブレマー）が潜むクィレル教授（イアン・ハート）の後頭部がハリーの方を向いていた。ハリーは痛みをスネイプの存在のせいだと思い込んだが、ヴォルデモートはずっと彼を睨んでいたのだ。また、ハリーの傷跡が痛むのを見たスネイプの反応にも注目。彼は明らかにクィレルを疑い、そちらを見やる。
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人気のファン理論では、復活の石は実際に死者の魂を呼び戻すのではなく、使用者に死ぬべきだと納得させるためにその人の姿を映し出すだけだと言われている。『死の秘宝』の物語では、次男が死んだ最愛の人を呼び出し、その姿に深く落ち込んで自殺し、死に連れ去られる。本作ではハリーが石を使って亡き愛する人々の顔を見るが、彼らは全員らしからぬ様子でハリーに死ぬべきだと説得する。
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（約2時間25分の時点）当初の脚本では、ラストシーンでハーマイオニーがハリーとロンを抱きしめることになっていた。しかし11歳のエマ・ワトソンは、出演者全員の前で男の子たちを抱きしめるのが恥ずかしかったため、クリス・コロンバス監督はシーンを変更することを許可した。ハーマイオニーはハリーだけを抱きしめ、次にロンを抱きしめようとするが、2人は照れて握手だけを交わすという内容になった。ワトソンは最近のインタビューで、ダニエル・ラドクリフをすぐに離してしまい、抱擁が実際より長く続いたように見せるため映画を数秒間「フリーズ」させたと語っている。ロンに対する彼女のためらいは、ファンの間で2人の関係の前触れと受け取られている。
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ハリーがホグワーツの中庭で自分が生きていることを明かしたとき、ドラコは当初死喰い人たちの列を離れ、ハリーに杖を投げる予定だった。このシーンは撮影されたが最終編集には含まれなかった。しかし、映画を基にしたゲームで見ることができる。
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ジョン・ウィリアムズのスコアは、ハリーが将来直面する危険の1つを思い起こさせて終わる。本作を通じて、ウィリアムズはピーター・ペティグリューの存在を示すためにチェンバロのモチーフを使っている。エンドクレジット後にハリーが「ノックス」と言った後、一瞬の間があってチェンバロのモチーフが短く戻り、次の作品でペティグリューが果たす重要な役割をほのめかす。
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（約56分の時点）ハリー、ロン、ハーマイオニーがダンブルドア軍団の名簿に書いた署名は、米国版の書籍で見られるものと同じである。
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エピローグシーンでハリーの娘リリーを演じた少女ダフネ・デ・ベステギはダニエル・ラドクリフに非常に懐き、カメラが回っていないときでさえ彼を抱きしめていた。ラドクリフはインタビューで、彼女は自分を第二の父親のように思っているようだが、抱きしめられるのは全く気にならないし、本当に可愛らしいと思っていると述べた。また、ダフネの母親は『ハリー・ポッターと賢者の石』（2001）の制作中に彼女を妊娠していたとも語っている。
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（約1時間の時点）ウィーズリー twins からハリーが忍びの地図を渡されたとき、「Moony」という名前が「Mooney」と綴り間違えられている。これは実際のミスではないが、興味深い繋がりがある。本作の視覚効果スーパーバイザーの名前はカール・ムーニー（Karl Mooney）である。この綴りの変更は、内輪のジョークとして意図的に行われた。
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ムーディがハリーに、敵の監視に役立つと敵の鏡を説明するとき、バーティ・クラウチ・シニアの顔が一瞬現れる。またムーディはカルカロフに「闇の魔法使いのように」考えていたと告げる。これらの瞬間は、ムーディが実はバーティ・クラウチ・ジュニアの変装であることを予兆している。
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2016年1月14日のアラン・リックマンの死により、故人を偲んで「Always」という言葉（スネイプが記憶の中で発し、ハリー・ポッターが見る場面）が世界中でバイラルになった。
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ダンブルドアのセリフ「Don't fight him, Harry, you can't win.」は、ほぼすべての予告編やテレビスポットで大きく取り上げられたが、本作の最終版にもDVDの拡張シーンにも一切含まれていない。
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映画のラスト、次世代の子供たちを乗せた列車がキングス・クロス駅を出てホグワーツへ向かうとき、そのシーンに流れる曲は、『ハリー・ポッターと賢者の石』（2001）のラストシーンでハリーがハグリッドに別れを告げ、ホグワーツから家へ向かう列車に乗る場面と同じ曲である。曲名は「Leaving Hogwarts」。ヘドウィグのテーマ以外で、公式にフランチャイズを締めくくる曲だ。
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（約33分の時点）ハリーが必要の部屋に入り、少年が無線でハリーがそこにいると騎士団に知らせるとき、机の上にネビルのミンブルス・ミンブルトニアが見える。それは『ハリー・ポッターと不死鳥の騎士団』（2007）の冒頭で彼が馬車の中で持っていた植物である。
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本作からドビーが削除された結果、ネビル・ロングボトムの役割が少し大きくなった。本作では、第2の課題でハリーに鰓昆布を渡すのはドビーではなくネビルであり、後にこのアイデアはバーティ・クラウチ・ジュニア／ムーディ教授から与えられたものだとわかる。原作では、クラウチ／ムーディは最初に鰓昆布について書かれた本をネビルに渡そうとしたが、ハリーは助けを求めてはいけないことになっていたためネビルに頼まず、ロンとハーマイオニーにだけやるべきことを話した。そこでムーディはドビーに自分の話を聞かせ、課題直前にハリーに鰓昆布を渡すよう仕組んだ。この削除により、やや不自然な副産物が生じている。スネイプ教授を恐れているはずのネビルが、スネイプの保管庫から鰓昆布を盗まなければならなかったのだ。
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（約1時間15分の時点）ハリーが地図上でピーター・ペティグリューの名前を見るが、廊下に実際には彼の姿がないとき、ネズミが走り回る音がかすかに聞こえる。
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最終巻が出版される前に、ダニエル・ラドクリフはJ・K・ローリングにハリーが最後に死ぬのか尋ねた。ローリングは間を置いてから、謎めいた口調で「あなたは死のシーンを手に入れる」と答えた。
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デヴィッド・イェーツ監督によると、当初は3時間の映画を撮影していた。しかし、最終編集で45分長すぎたため、一部の素材をカットする必要があった。そのため、様々なシーンのために使われた複数のロケ地が最終版には登場しない。バージニア・ウォーターでは、マクゴナガル先生（マギー・スミス）が、ハグリッド（ロビー・コルトレーン）を捕まえに来た魔法省との激しい口論の際に受けた失神呪文から回復するシーンが撮影された。バーナム・ビーチズでは、ハグリッドが5年生の魔法生物飼育学のクラスにセストラルを紹介するシーンが撮影された。ハリー（ダニエル・ラドクリフ）がグレンフィナンのグレンフィナン記念碑の前で石を水切りする別のカットシーンもある。
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ハリーがハグリッドと共にバーでクィレル先生に初めて会う時、ハリーは握手を求めて手を差し出すが、クィレルは頑なに握手を拒む。映画の終盤で、ハリーがクィレルに触れると、クィレルの闇の魔法とヴォルデモートとの繋がりによって身体的に崩壊することが示される。後に『ハリー・ポッターと炎のゴブレット』（2005）で、ヴォルデモートが赤ん坊のハリーを殺そうとした際に生じた魔法の呪文のため、何か抜け道を見つけない限りヴォルデモートはハリーに触れられないことが明かされる。
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スネイプがハリーをファーストネームで呼ぶのは、この映画だけである。以前の作品では、彼は「ポッター君」または「ポッター」と呼んでいる。
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小説のスニーコスコープの概念や、ホグワーツでシリウス・ブラックが眠っているロンを襲おうとするサブプロットは撮影されたが、最終版からは削除された（これらのシーンの一部は、一部のDVD版で追加シーンとして見ることができる）。スニーコスコープは、近くに正直でない者がいると持ち主に知らせる。本では頻繁に鳴るためハリーは壊れていると思うが、実際にはスキャバーズ／ピーター・ペティグリューを感知していた。もう一つのシーンでは、本と同様にブラックがグリフィンドール寮に入り、ロンのベッドをハリーのベッドと間違える。ブラックが部屋に入れたのは、ネビル・ロングボトムがなくしたリストから合言葉を知っていたためだと判明する。後者のシーンの一部で、ハリーがブラックを捕まえるチャンスを逃したと話す場面は、ほとんどのプロモーショントレーラーで大きく取り上げられていた。
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（約1時間30分の時点）ハリーが森でヴォルデモートのもとへ来たとき、ヴォルデモートは彼を「生き残った男の子」と呼ぶ。ハグリッドは Harry Potter and the Sorcerer's/Philosopher's Stone の第1章で彼をそう呼んだ。ヴォルデモートとハグリッドだけが彼をそう呼んでいる。
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（約1時間7分の時点）ハリー（ダニエル・ラドクリフ）、ロン（ルパート・グリント）、ハーマイオニー（エマ・ワトソン）がハリーとチョウ（ケイティ・リューング）のキスのことを話しているとき、シーンの終わり近くで3人が笑い出す。これは3人の本当の笑いだった。デヴィッド・イェーツ監督はシーンに良いと思い、撮影を続けた。
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映画では決して語られないが、最後の本は、ハリーとヴォルデモートが死の秘宝の伝説の3兄弟を通じて家族であることを示唆している。ハリーはイグノタス・ペベレルの遠い親戚であり、それが彼が透明マントを手に入れた理由である。ヴォルデモートはカドマス・ペベレルと血縁関係にあり、それによって知らずに復活の石を継承した（それを指輪にはめ込み、分霊箱にした）。
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小説とは異なり、ハリーの魂が辺獄に到着したとき、彼は裸ではなく完全に服を着ている。これはおそらく若い観客向けの検閲のためだろう。
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ルーピン先生がディメンターに対抗するためのパトローナス・チャームをハリーに教えるシーンは、『ハリー・ポッターと秘密の部屋』（2002）でダンブルドアの執務室として使われたセットで撮影された。アルフォンソ・キュアロンはそのセットを気に入り、この映画で使いたいと思った。脚本にはダンブルドアの執務室の記述がないため、セットは全く別の部屋（脚本では天文塔の部屋と呼ばれる）として改装された。『ハリー・ポッターと炎のゴブレット』（2005）以降の作品ではダンブルドアの執務室に戻された。
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シリウス・ブラックの背景は、前作のハグリッドのそれと類似している。ハグリッドは数十年前にヴォルデモートによって不当に告発され、退学処分となった。再び告発されると、アズカバンに送られる。ハリー、ロン、ハーマイオニーの努力によってのみ彼は無罪とされる。シリウスはピーター・ペティグリューによって、ポッター一家の隠れ家をヴォルデモートに教えたと濡れ衣を着せられた。ハリー、ロン、ハーマイオニーは真実を知るが、彼の場合は死ぬ前に無罪とされることはなかった。『ハリー・ポッターと賢者の石』（2001）で、ハグリッドは空飛ぶバイクで到着するが、本ではシリウスから借りたと話している。この映画では、彼はハグリッドのヒッポグリフで逃げる。
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小説には登場しないが、映画にはエリス鏡が登場する。ヴォルデモートに憑依されているハリーのシーンで見ることができ、ハリーが鏡に近づくと、その顔は闇の帝王の特徴の一部で歪んで映る。デヴィッド・イェーツ監督とプロダクションデザイナーのスチュアート・クレイグは、シリーズの過去作品のオブジェクトやショットへの多くの参照のもう一つの例として、そこにそれを使うことにした。
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ドラコがハリーをからかうとき、ジニー・ウィーズリーがハリーをかばうと、ドラコはハリーにガールフレンドがいると冗談を言う。これは『ハリー・ポッターと謎のプリンス』（2009）への伏線で、ハリーとジニーは実際にカップルになる。
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（約48分の時点）太ったレディが失踪している間、ロン、ハリー、ハーマイオニーの後ろで、サー・カドガン（ポール・ホワイトハウス）がいくつかの絵画を飛び回るのが見える。本では、太ったレディの不在中に彼がグリフィンドールの談話室の扉の臨時の番人となり（学生たちを常に決闘に挑むため、学生たちを大いに悩ませた）、映画でも同様の役割を果たしたが、合言葉を覚えたために愚かにもシリウス・ブラックをグリフィンドールの談話室に入れてしまう。彼の役割は、これらの数ショットを除いて、この映画からほぼ完全にカットされた。
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この映画の最後で、ハリーには2人の息子と1人の娘がおり、そのうちの1人を「アルバス・セブルス・ポッター」と呼ぶ。名前を呼ばれない長男はジェームズ・シリウス・ポッター（ハリーの父と名付け親にちなむ）。娘の名前はリリー・ルーナ・ポッター（ハリーの母と親友ルーナ・ラブグッドにちなむ）。
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キアラン・ハインズ（アバーフォース・ダンブルドア役）は、ハリー・ポッター（ダニエル・ラドクリフ）が持ち歩く鏡の破片に何度も現れる魔法使いの顔として、クレジットなしで出演している。彼は『ハリー・ポッターと死の秘宝 PART2』（2011）でより目立つ形で登場する。
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スネイプ教授とイゴール・カルカロフが死喰い人の印について話すシーンは、当初もっと長く、映画のかなり早い段階に置かれる予定だった。クリスマス・ダンスパーティーでのロンとハーマイオニーの口論に辟易したハリーが外に出て、スネイプとカルカロフの会話を立ち聞きするという内容である（原作でもそうなっている）。城内に戻るとロンとハーマイオニーはまだ言い争っており、ハーマイオニーは男子2人を寝床へ追いやる。しかしこのシーンは作り直され、第2の課題の後にスネイプがハリーを問い詰める場面と統合されることになった。カットされたシーンは、パーティー中にハーマイオニーが怒ってハリーとロンのもとを去るのに、次のシーンではハリーが突然ロンとハーマイオニーのところへ入っていき、ハーマイオニーがどこにいたのかと尋ねる理由を説明するものだった。ABCファミリーで放送される映画の拡張版では、スネイプ教授が薬品庫から盗んだことについてハリーを問い詰め、「ブームスラング・スキン？ レースウィング・フライ？」と言った後、彼はハリーの前でドアを閉める。「君と君の小さな友人たちはポリジュース薬を調合している。なぜかは必ず突き止めてみせる」というセリフはこの版では省かれているが、DVDには収録されている。これはおそらく、ハーマイオニーがそれを耳にしてすぐにこれらの材料をポリジュース薬の材料だと特定する削除シーンの代わりに挿入されたものと思われる。
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映画では、クリスマスに誰がハリーに透明マントを贈ったのかはっきりとは明かされないが、ダンブルドア教授が意味深な視線を送る場面がある。原作では、マントはハリーの父親のもので、父が保管を頼んでダンブルドアに預けたと語られている。ダンブルドアは、父がハリーに持たせたかったのだろうと考えてマントをハリーに渡した。原作でも映画でも何度か示唆されているのは、ダンブルドアがハリーにマントを渡したのは、密かに調査したり会話を盗み聞きしたりして謎を解くために使わせるためだったということだ（これが、ハリーがたびたび校則を破るのに対してダンブルドアが極端に寛容だった理由の説明にもなる）。
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アルフォンソ・キュアロン監督は、キャラクターの個性をより多く見せるため、ハリー、ロン、ハーマイオニーにホグワーツの制服よりも普段着を着せる機会を増やそうと考えた。また、魔法学校にもっとリアリティを持たせるため、他のホグワーツの生徒たちには制服を好きなように着こなしてよいと許可を出した。そのため、きちんと制服を着ている生徒もいれば、シャツやネクタイをだらしなく出している生徒もいる。
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ホグワーツと周囲の風景をつなぐぐらぐらした木の橋は、グリーンスクリーンを背景に、すべてスタジオで作られる予定だった。そうすれば、ポストプロダクションでデジタル合成の背景を加えられるからだ。いくつかのシーンはスタジオで撮影されたが、アルフォンソ・キュアロン監督は、ハリーが両親についてルーピン教授と話すシーンをスコットランドのロケ地で撮ることにした。撮影のためにハイランド地方に橋の一部が建設され、見た目よりずっと頑丈だったものの、非常に強い風が難題となった。
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本作では、ヴォルデモートは自分の分霊箱が破壊されるのを感じ取っており、1つ壊されるたびに苦しむ姿が描かれる。ヴォルデモートの魂の一部を宿しているハリーとナギニも、その破壊を感じ取る。死ぬ前に、ヴォルデモートは最後の分霊箱であるナギニが殺されたことで自分が不死ではなくなったと気づいていたことが、その表情からうかがえる。
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本作でも原作でも、どの死喰い人がヘドウィグを殺したのかは明かされないが、多くのファンはスネイプではないかと推測している。この説によれば、スネイプはヘドウィグが本物のハリーを悟らせるもとになると気づき、ハリーを守るために彼女を殺したのだという。
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組分け帽子とハリーのやり取り全体は、最後の映画に当てはまるものと言える。帽子はハリーをスリザリンに入れたがっているように見え、「偉大さ」へと導くつもりだと考えている。ハリーの体内には実際にヴォルデモートの魂の断片が宿っており、それゆえ組分け帽子は選別の際にハリーをヴォルデモートになぞらえたのだ。
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『ハリー・ポッターと賢者の石』（2001）のおよそ1時間55分のところで、ハリーのチョコレート・フロッグがホグワーツ特急の窓から飛び出していく。その後の運命は不明だが、映画のエピローグでは、チョコレート・フロッグがウィーズリー家とポッター家の子どもたちの車両の窓をよじ登っているのが見え、おそらく同じカエルだろうと示唆されている。
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ホグワーツでのハリー（ダニエル・ラドクリフ）の最初のクリスマスのとき、フレッド（ジェームズ・フェルプス）とジョージ（オリバー・フェルプス）は雪玉に魔法をかけて飛ばし、クィレル教授（イアン・ハート）のターバンの後ろにぶつけた。そうすることで、2人は知らず知らずのうちにヴォルデモートの顔面を打っていたのだった。
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リーマス・ルーピンは、ディメンターを倒す方法を教えるため、ハリーに個人授業を行い、その相手役としてボガートを使う。しかし、ハリーが1度目と2度目にボガートと対峙して倒せなかったとき、ボガート／ディメンターはハリーに母親の悲鳴を聞かせることに成功した。これは、ボガートが変身した相手の能力の一部を得られることを示唆しているのかもしれない。また弱点も受け継いでおり、ハリーのパトローナスにあっさりと倒された。
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原作小説では、ハーマイオニーはクリスマス・ダンスパーティーのために髪をまっすぐにするヘアケア用の薬、スリーキージー・ヘア・ポーションを使った。J・K・ローリングは後にPottermoreで、ポッター家の背景の一部として、この薬を発明したのはハリーの父方の祖父フリーモント・ポッターだと明かしている。
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ハリーが『吟遊詩人ビードルの物語』の「死の秘宝」の物語に登場する3人兄弟の末弟イグノタス（イグナティウス）・ペベレルの子孫であることは明らかに示唆されているが、ハリーがどうやって透明マントを手に入れたのかという説明は、書籍と映画の公開時にはそれ以上詳しく語られなかった。2015年9月、J・K・ローリングはこの件について少しだけ詳細を明かした。ハリーの祖先の1人に、スティンチコムのリンフレッドという風変わりな魔法使いがいた。彼は「ポッターラー」というあだ名で呼ばれ、これが姓のポッター（時代とともに短縮された）の由来となった。彼は植物やハーブから様々な薬を作ることで知られ、2作目の映画に登場するスケレグロの薬もその1つだった。リンフレッドの長男ハードウィンは、ゴドリックの谷出身の美しい魔女イオランテ（ヨランダ）・ペベレルと結婚した。彼女はイグノタスの孫娘だった。彼女の世代には男子の跡継ぎがいなかったため、長女である彼女がマントを相続した。ハードウィンと結婚した際、彼女の唯一の願いと条件は、マントと家宝がどのようにして自分の家系に伝わったのかを秘密にしておくことだった。ハードウィンはこれを承諾し、守った。それ以来現在に至るまで、マントは新しい世代ごとの長子へと受け継がれ、やがてハリーの父ジェームズの手に渡り、そしてハリーへと受け継がれた。
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この映画には、ベラトリックス・レストレンジとフェンリル・グレイバックに率いられた死喰い人たちが、ハリーやウィーズリー一家、ルーピン、トンクスが滞在する「隠れ穴」を襲撃するシーンがある。このシーンは原作にはなく、映画のために作られたものだ。原作では死喰い人による魔法族社会への様々な襲撃がニュース記事として散りばめられているが、このシーンはその代表として機能している。他の生徒やその親族に起き続ける襲撃を聞いたり読んだりするよりも、ハリー自身がそうした襲撃を実際に体験する方が、映画のテンポが良くなると考えられたのだ。
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クィディッチの試合中にハリーがニンバス2000の制御を失ったとき、ハーマイオニーは双眼鏡を教師たちが座る観客席の塔に向ける。双眼鏡が呪いの逆呪文をつぶやくスネイプをズームアップする直前、よく見るとクィレルがハリーの箒に視線を集中させているのがわかる（おそらく無言呪文による呪いをかけているのだろう）。
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(約30分のところ) 約30分の時点で、この作品は「闇の魔術に対する防衛術」の授業の様子が一切描かれない初のハリー・ポッター映画となった。直接的な描写（『ハリー・ポッターと秘密の部屋』から『ハリー・ポッターと不死鳥の騎士団』まで）も、間接的な描写（『ハリー・ポッターと賢者の石』）もない。この科目について触れられるのは、ダンブルドア（マイケル・ガンボン卿）が空席となった教職にスネイプ（アラン・リックマン）を任命すると発表する場面だけだ。原作ではスネイプの授業の1つが描かれており、いつものようにスネイプがハリーを挑発して生意気な返答をさせ、居残りを命じる様子が書かれている。
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(約46分のところ) ルーピンはハリーの母親ととても親しかったと語る。これは、リリー・エバンスがルーピンのライバルであるセブルス・スネイプの親友だったという原作の設定と矛盾するように思えるかもしれない。しかしJ・K・ローリングは、ホグワーツ卒業後もルーピンは人狼という理由で誰にも雇われず、賃金の得られる仕事を見つけるのに苦労していたことを明かしている。そのためジェームズとリリーが彼を金銭的に支えていたのだ。
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(約1時間55分のところ) 約1時間55分の時点で、ハリーが「神秘部」で上げる叫び声は、あまりにも苦痛に満ちていたため音が消されている。デヴィッド・イェーツは、『ゴッドファーザーPARTIII』でマイケル・コルレオーネが叫ぶ場面へのオマージュとして、この叫び声を消した。
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占い学の授業でロンがハリーについて「苦しむが、それを喜ぶだろう」と予言したことは、映画の終盤で実際に的中する。ハリーはシリウスが両親を殺したという「知識」に苦しむが、それは事実ではないとわかり、むしろシリウスはハリーに愛情ある家庭を提供できるのだった。これは、ハリーが愛情ある家庭に帰れると知りながらも決してそこへ行けないことに苦しむ（苦しむ部分）一方、シリウスが自由であり、自分に家族ができたことを知って喜ぶ（喜ぶ部分）という意味にも取れる。
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原作にはない新しいシーンが3つ追加されている。崩壊するミレニアム・ブリッジ（この映画の冒頭に登場し、第3弾の予告編にも映っている）、駅でダンブルドア（マイケル・ガンボン卿）と落ち合う前にハリー（ダニエル・ラドクリフ）がウェイトレス（エラリカ・ジョンソン）と軽くいちゃつくシーン、そして「隠れ穴」への死喰い人の襲撃（第2弾の予告編に登場）だ。マグル製の橋への襲撃は、実は原作の冒頭でコーネリウス・ファッジによって言及されているが、あくまで後から振り返る形で語られている。
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この映画の冒頭で、ハリーは実際に未成年の魔法使用を行っているが、魔法省には「痕跡」によって見つかっていない。
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メイソン夫妻との夕食の場面で、バーノンおじさんがハリーの部屋を確認した直後に、ちょっとした見事な伏線がある。バーノンおじさんが寝室を出ると、隠れていた屋敷しもべ妖精がハリーのクローゼットから出てきて、誤って自分の肩に付いていたハリーの靴下の片方を何気なく放り投げる。これは、ハリーが最終的に靴下を使ってドビーを奴隷状態から解放することを示唆している。
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(約25分のところ) 約25分の時点で、マッドアイ・ムーディが「闇の魔術」の授業で苦しめる生き物は、原作と当初の脚本では蜘蛛だった。映画に登場する生き物は、実在の動物であるムチサソリ（ムチクモとも呼ばれる）とほぼ同じ姿をしている。ムチサソリは約70種が知られ、分類上は「蛛形綱」の下の独自の目「無鞭目（Amblypygi）」に属し、サソリでも蜘蛛でもない。ムーディはこの生き物を致命的だと言うが、実際の無鞭目は（大きさはほぼ同じだが）まったく無害だ。映画では、苦しめられるこの生き物が甲高い声を上げるのが聞こえるが、原作では鳴き声はなく、ハリーが「もし鳴けたらきっと鳴くのだろう」と想像するだけだ。
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ハリーがヴォルデモートとの決闘中に見た亡者の幽霊について尋ねると、ダンブルドアは「プリオ・インカンターテム」という言葉に触れるだけで、詳しい説明はしなかった。脚本には書かれていたものの、おそらくカットされたセリフもあり、（原作同様に）ダンブルドアが、ハリーとヴォルデモートの杖はどちらもダンブルドアのフェニックスであるフォークスの羽根を芯にしていること、こうした「兄弟杖」が絡み合うとプリオ・インカンターテム（「前の呪文」）効果が自然発生し得ること、片方がもう片方を圧倒すれば、劣勢の杖はそれまでに放った直近の呪文の残響を吐き出さざるを得ず、そこには殺しの呪文で命を奪われた者たちの意思を持つ幽霊の残響も含まれること、そしてその残響はごく短時間しか続かないことを説明していた。だからこそ映画でダンブルドアは「どんな呪文も死者を呼び戻すことはできないんだよ、ハリー」と語るのだ。この場面は当初、バーティ・クラウチ・ジュニアの正体が暴かれた直後のダンブルドアの執務室で起きる脚本になっており、正しいことと楽なことの選択についてのダンブルドアの独白は生徒たちへの最後のスピーチ中に置かれる予定だったが、どちらもハリーの寮の部屋での場面に書き直された。
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本作の憂いの篩は、ハリー・ポッターと炎のゴブレット（2005）に登場したものとは異なっている。憂いの篩はおそらく呪文によって空中に浮かんでおり、今回は篩の中にハリーの姿は見えないが、ハリーが一人称視点で記憶を見ていると解釈することもできる。原作とは違い、ハリーはダンブルドアなしで最初の2つの記憶を見るが、2人がスラグホーンの本当の記憶を一緒に見たことは示唆されている。
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新曲「Lily's Theme」は本作で3回流れる。最後はハリーが母リリー・ポッターと語る場面。残りの2回は、スネイプが荒れ果てた中庭を見渡す冒頭の場面と、彼の死の場面で、彼女への報われない愛を暗示している。
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スラグホーンがスラグクラブの写真にリリー・ポッターを映すとき、彼女はお腹が膨らんでいて、ゆったりしたドレスを着ている。この写真の時点でリリーがハリーを妊娠していたことがうかがえる。
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当初、映画製作者たちは、原作でハリーが迷路の中で出会うスフィンクスの声をグレース・ジョーンズに担当させたいと考えていた。スフィンクスはハリーに3つの選択肢を与える。黙ったままでいれば無傷で立ち去らせ、正しく答えれば道を譲るが、間違った答えを出せば襲いかかるというものだった。しかし、映画の他のエフェクトで予算を超過していたため実現できず、この場面はカットされた。
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ホグワーツでの戦闘シーンの約1時間7分のところで、最初の3作で登場した怪物たちへのオマージュがある。ハリー、ロン、ハーマイオニーが敷地内を走り抜ける際、最初にトロール（1作目）、次に蜘蛛（2作目）、そして最後にディメンター（3作目）と遭遇する。
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ロンが、銀行の金庫の中でハッフルパフのカップを分霊箱とどう見分けるのかとハリーに尋ねると、ハリーは見ればわかると答える。これは、ハリー・ポッターと謎のプリンス（2009）のために当初書かれていたリドルの4つの回想シーンの1つを指しており、このマクガフィンが導入される場面だった。しかし、デヴィッド・イェーツ監督はヴォルデモートの背景が複雑になりすぎると考え、この場面を映画に含めないことを選んだ。原作を知らない人向けに説明すると、その回想では若きトム・リドルがヘルガ・ハッフルパフの子孫であるヘプジバ・スミスを訪ね、彼女を毒殺して大切なカップを手に入れる様子が描かれている。
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（約1時間50分のところ）ハリーが迷路に入ろうとすると、マッドアイ・ムーディが左に曲がるよう合図する。迷路では左に曲がり続ければ出口が見つかるという説が広く信じられている。これは実際、ルネサンス以降にイングランド貴族の庭園に造られた「生け垣の迷路」の多く、たとえばハンプトン・コートの有名な迷路では当てはまる。しかし、現代のパズル本にあるパズル迷路では通用しない。
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（約1時間45分のところ）バーティ・クラウチ・ジュニアの回想を見た後、ハリーが執務室でダンブルドアと話しているとき、ダンブルドアがガラス戸棚をのぞき込むと死の秘宝のシンボルが見える。
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物語が進むにつれて、ダンブルドアは弱っていき、声もかすれていく。これは指輪の呪いがダンブルドアを蝕んでいるためで、ハリー・ポッターと死の秘宝 PART2（2011）で明かされるように、スネイプはその呪いを一時的にしか抑えられないと警告していた。これが、ダンブルドアがスネイプに自分を殺すよう望んだ理由を説明する。苦痛から解放されるため、ドラコ・マルフォイを守るため、そして死喰い人の中で自分の立場を固めるためだった。死の直前にダンブルドアがセブルスに呼びかけるのは、情けを求めているのではなく、自分を殺すよう頼んでいるのだ。
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ヴォルデモート卿がハリーの額に触れながら言う「I can touch you now」は、レイフ・ファインズがハリー・ポッター映画シリーズ全体で最も気に入っているセリフだ。
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第3幕でハリーとハーマイオニーがタイムターナーを使って過去へ戻るとき、ストップウォッチの絶え間ないカチカチ音が、それにふさわしく音楽の目立つ要素となる。
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（約14分のところ）約14分で、ハリーは3つの許されざる呪文のうち最初のものを使い、銀行のゴブリンにインペリオ呪文をかける。以前にはハリー・ポッターと不死鳥の騎士団（2007）でベラトリックスに対してクルーシオ呪文を使い、ハリー・ポッターと死の秘宝 PART1（2010）の削除シーンではスリザリンのロケットに殺しの呪文を試している。
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原作にはクィディッチの試合がさらに2試合登場し、1試合目はグリフィンドール対レイブンクロー。この試合にもまたディメンターが現れるが、ハリーは完全な守護霊の呪文で追い払う。しかし後に、それは本物のディメンターではなく、その姿でハリーの調子を狂わせようとした4人のスリザリン生の変装だったと告げられる。2試合目は決勝のグリフィンドール対スリザリンで、前者が勝利し、グリフィンドールはクィディッチと寮杯の両方を制する。
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原作では、ハグリッドがクリスマスにハリーへ笛を贈り、ハリーは後にそれを使ってフラッフィーを眠らせる。
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クィレルやヴォルデモートとともにハリーを地下牢に閉じ込める炎は原作にはないが、小説でハリーとハーマイオニーがチェスを勝ち抜いた後に7本の薬瓶を前にして立ち向かう（映画には登場しない）色付きの炎が元になっている。地下牢を囲む炎という実写効果は、地下牢のセット周囲の床に仕込んだパイプで実現され、イアン・ハートが指を鳴らした後に点火された。
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原作と異なり、ハリー（ダニエル・ラドクリフ）とジニー（ボニー・ライト）はクリスマス休暇中に恋人同士になる。映画ではジニーとディーン（アルフレッド・イーノック）が別れた理由は説明されないが、スラグ・クラブの場面でハーマイオニー（エマ・ワトソン）がほのめかすように、2人が口論を重ねていたことが強く示唆されている。
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本作でハグリッドがハリーに贈る誕生日ケーキが映ると、そこには「Happee Birthdae Harry」と書かれている。小説でもハグリッドはハリーに誕生日ケーキを贈るが、J・K・ローリングはハグリッドがケーキのメッセージを正しく綴ることは十分に可能だと明記しており、「『Happy Birthday Harry』と緑のアイシングで書かれた、大きくてベタベタのチョコレートケーキ」と描写している。
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ドラゴンとの第1の課題は140を超えるVFXカットを要した。その一部の短い場面は完全にデジタルで作られており、ドラゴンだけでなく環境全体、さらにはハリーまでもがデジタル化されている。
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映画シリーズを通して、幼いハリーがなぜ強力なヴォルデモート卿を倒し得たのかという疑問がしばしば投げかけられるが、事実上もっとも完全な答えを本作でヴォルデモート自身が語っている。復活後、ヴォルデモートはこう述べる。「私が本当に力を失った経緯を明かそうか？それは愛だ。いいか、愛しいリリー・ポッターが一人息子のために命を捧げたとき、それは息子に究極の守りを与えた。私は彼に触れられなかった。古い魔法だ、私が予見すべきだったものだ」。5作目では、愛ゆえのリリーの犠牲が文字通り彼女の血によってハリーの周りに魔法の守りを生み、ヴォルデモートの死の呪いを跳ね返らせて彼を死なせたことが明かされる。この魔法の守りはハリーの血（母の血に似たもの）の中に生き続けるため、ヴォルデモートはハリーに触れられることに極度の弱みを抱えたままとなる。ハリーの血が復活に不可欠だったのは、これによってついにヴォルデモートがハリーに触れても害を受けなくなるからだった。魔法の血の守りは非常に強力で、リリーの姉であるペチュニアおばさんにも、同じ血を分け合っているため効果を発揮する。ペチュニアが近くにいるとハリーは魔法で危害から守られ、ハリーが何度もダーズリー家に戻らねばならなかったのはそのためである。
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ハリー・ポッターと炎のゴブレット（2005）でハリーが着る、背中に「POTTER」と刷られたトライウィザードのマントが、ボートハウスの場面のいくつかで背景に見られる。
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ヴォルデモートの魂の8つの断片のうち、ダンブルドアの指輪、ハーマイオニーのカップ、ロンのロケット、ネビルの蛇がそれぞれ1つずつ破壊する。ヴォルデモートは意図せずハリーの中の断片を破壊し、ハリーは2つ——日記とティアラ——を破壊する（ただし映画のみで、原作ではティアラはゴイルが放った炎で破壊される）。最後の断片はヴォルデモート自身の体内にあり、ホグワーツの戦いの最中、ヴォルデモートが放った呪いがハリーに跳ね返って破壊される。
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バジリスクの大きさの描写には小説版と映画版で食い違いがあり、後者では蛇がはるかに大きいと暗に示されている。小説の第16章の終わりで、ハリー、ロン、ロックハートが蛇の抜け殻を見つけたとき、地の文は「これを脱いだ生き物は少なくとも20フィートはあったに違いない」と述べている。映画の対応する場面では、ロンが「これを脱いだのは60フィート以上あるに違いない」と言う。これはおそらく、ハリーとバジリスクの戦いをより興奮と危険に満ちたものに見せるためで、20フィートの蛇なら1作目でハリーが動物園から逃がすニシキヘビに近い大きさになる。
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ダニエル・ラドクリフとエマ・ワトソンは、ダンスの終わりにハリーとハーマイオニーがロマンチックな緊張の一瞬を迎え、キスしかけるが、ハーマイオニーがロンのことを思い浮かべてその瞬間が過ぎ去る、という演出を受けていたと明かしている。
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アルバス・ダンブルドア（マイケル・ガンボン）は、シリーズの他の作品と異なり、いくつかの場面で叫んだり声を張り上げたりする。たとえばハリーがゴブレット・オブ・ファイアに選ばれたとき、ハリーに自分の名前をゴブレット・オブ・ファイアに入れたのかと尋ねるとき、マッドアイ・ムーディに成りすましていたバーティ・クラウチ・ジュニアと対峙するときなどである。台本にはこれに関する具体的な指示がなく、原作のダンブルドアは最初の2作でリチャード・ハリスが演じたように非常に穏やかでくつろいだ人物として描かれ、声を張る場合でも常にもっとも抑制の効いたやり方で行うものだったため、多くのハリー・ポッターのファンからこの点は強く批判された。しかしガンボンは、原作からの情報なしに自分なりの解釈でキャラクターを演じたと述べており、原作は「読む意味を感じなかった」ため一度も読んでおらず、「演じる役はどれも自分の性格の変形版にすぎない」と語っている。
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多くのファンが、ハリーが駅でマグルのスーツを着たヴォルデモートを見る場面を批判し、ヴォルデモートがそんなことをするのはキャラクターに合わないと述べた。デヴィッド・イェーツ監督とデヴィッド・ハイマン製作はこの場面を擁護したが、それぞれ解釈は異なっていた。イェーツは、これはヴォルデモートがハリーを挑発する方法であり、自分がどれほど危険かを気づかないマグルの群衆の中に平然と現れられることを示すものだと説明した。一方ハイマンは、これはハリーの想像の産物であり、ヴォルデモートがハリーの心を支配していることを象徴していると述べた。
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演技とはいえ、ルパート・グリントは、ハリーと妹のジニーがソファで2人きりになった後、ロンがわざと2人の間に座る場面を演じることに罪悪感を覚えたと明かしている。
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ハリー（ダニエル・ラドクリフ）、ロン（ルパート・グリント）、ハーマイオニー（エマ・ワトソン）がポリジュース薬で魔法省の職員に変身した際、ハーマイオニーが化けたのは「マファルダ・ホプカーク」という名の女性だった。マファルダ・ホプカークは、『ハリー・ポッターと不死鳥の騎士団』（2007）でハリーがパトローナス・チャームを使った後にホグワーツ退学を告げる手紙を送った魔女である。また彼女は、『ハリー・ポッターと秘密の部屋』でドビーが紫色のプディングを粉々にした後、未成年での魔法使用に関する警告の手紙もハリーに送っている。
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ハリーは指輪に一瞬反応を見せるが、これはシリーズの結末を脚本家たちが知った上で書かれた最初の脚本だったため、『Harry Potter and the Deathly Hallows』の出来事を予兆させるものになっている。
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原作と異なり、ハリーはダンブルドアの黒く焼けた手がどうして傷ついたのかを一度も尋ねない。もっともダンブルドアは、その話は胸躍るものだと口にしながら、今はまだ話さないと決めている。
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眼鏡をかけていてもバジリスクの視線の致死効果から身を守ることはできない。鏡を見たりカメラ越しに見たりするのとは違い、眼鏡では視界が蛇の目と直接かつ鮮明につながってしまうからだ。泣き虫マートルが死んだのはこのためであり、ハリーが無事だったのはフォークスがバジリスクの目を潰したからである。
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『ハリー・ポッターと秘密の部屋』（2002）の終盤で、ハリーはドビーにもう二度と自分の命を救おうとしないと約束するよう告げる。そして本作でドビーが命を落とすのは、まさにハリーの命を救ったためである。
