Ellen Ripleyの舞台裏トリビア117選
劇場版からカットされ、ディレクターズ・カットに収録されたシーンで、リプリーにはアマンダという娘がいたことが明かになる。彼女はリプリーが失踪した当時10歳で、リプリーが発見されるわずか2年前に66歳で癌により死去していた。アマンダ・リプリーは大ヒットビデオゲーム『エイリアン アイソレーション』（2014）の主人公でもあり、同作は『エイリアン』（1979）の出来事から15年後が舞台となっている。アマンダはまた、ウェイランド・ユタニ社のエンジニアとしてゼータ・レティクリ星系で働いている。彼女がこの仕事を選んだのは、ノストロモ号が最後に報告した場所と同じ宇宙域に配属されるからで、母の運命について何らかの手がかりを見つけたいという思いがあった。ノストロモ号のフライトレコーダーがゼータ・レティクリII付近の宇宙空間を漂流しているところをサルベージ船に発見され、セヴァストポリという宇宙ステーションに持ち込まれた後、アマンダはサミュエルズという会社の代表者から連絡を受ける。サミュエルズは、フライトレコーダーのログ解析を手伝い、アマンダがずっと探し求めてきた答えを得る助けになるかもしれないとして、セヴァストポリ・ステーションまで同行するようアマンダに依頼するが、2人が向かう途中でステーションとの連絡が途絶えてしまう。彼らが知らないうちに、ノストロモ号のフライトレコーダーを発見したサルベージ船はLV-426でエンジニアの警告信号も受信しており、ノストロモ号と同様に信号の発信源を調査したところ、乗組員の1人がフェイスハガーに襲われて寄生されていた。ただしノストロモ号と違い、この船の乗組員はエンジニアの信号を無効化しており、そのため会社がLV-426を植民地化する際に信号を探知しなかったことが説明できる。サルベージ船は感染した乗組員を治療のためステーションに連れ帰り、その結果セヴァストポリはゼノモーフの大量発生に見舞われることになった。こうしてリプリーが知らぬ間に、娘は自分と同じ恐ろしい試練に直面し、生き延びていたのだった。
（約1時間35分の時点）リプリーが緊急自爆手順を作動させるコードを入力する場面で、ボタンのタブの1つに「AGARIC FLY」と記されている。工学用語のように聞こえるが、ベニテングタケ（fly agaric）は実は強い毒性を持つ幻覚性のキノコで、その毒素はハエ取り紙によく使われていたものだ。
脚本を書きに出かけた際、ジェームズ・キャメロンはシガニー・ウィーバーがリプリー役での復帰に完全に前向きだと告げられていた。キャメロンはそれを前提に脚本を書いたが、女優との間にそのような契約は結ばれていなかったことを知らなかった。「だから彼女は俳優人生で初めて大きな報酬を得たんです」とキャメロンは冗談めかして語る。また、彼女は映画史上初めて役柄で1mドルを得た女優かもしれないとも述べているが、エリザベス・テイラーは『クレオパトラ（1963）』の役で1mドル（加えて興行収入の分配）を受け取ったと報じられているため、異論があるかもしれない。
乗組員が行方不明のフェイスハガーを捜索する場面について、リドリー・スコット卿の当初の構想ではフェイスハガーはまだ生きており、リプリーに飛びかかった後に死ぬというものだった。
本作の映像はDirecTVのCMで使用された。シガニー・ウィーバーはそのCMでエレン・リプリー役を再演している。
シガニー・ウィーバーはジェームズ・キャメロンの脚本を読んだ後、主にリプリーが状況にどう反応すべきかと感じた点について、いくつか注文を付け、キャメロンは快くそれに応じた。キャメロンは、意見が合わなかった点についても含め、物語の方向性について彼女が決して異を唱えなかったことを称賛している。そのうちの1つが銃撃の量だった。ウィーバーは当初、ト書きよりも脚本の台詞に目を通していたため、撮影現場に到着すると、銃規制の支持者としてこれほど多くの銃撃に不快感を覚えるとキャメロンに伝えた。キャメロンは、追い詰められない限り銃を使うことに同じように抵抗を感じるリプリーにぴったりだと考え、その姿勢を演技に反映するようウィーバーに伝えた。さらに彼は彼女を射撃場に連れて行き、自動式の銃を撃たせたが、ウィーバーもかなり格好いいと認めざるを得なかった。
『エイリアン2』（1986）でのエレン・リプリー役の彼女の演技は、Premiere誌の「史上最高の演技100」で58位にランクインしている。
シガニー・ウィーバーは『エイリアン2』のリプリーを、非常に感傷的でない環境保護主義者の友人をモデルにした。
ヴィンセント・ウォードとジョン・ファサノによる当初の脚本には、トイレの個室でエイリアンが便座の下の空間に潜み、油断している犠牲者を穴から引き込む場面が含まれていた。ウォードはそれがグロテスクでありながら笑えるものになると考えていた。また、リプリーが強い生存者の罪悪感に苛まれ、幻覚を見て前作までの亡くなった友人や同僚たちの姿を目にする場面もあった。
ある時、デヴィッド・フィンチャーはリプリーとエイリアンが医務室で対峙し、エイリアンがリプリーに威圧的に迫る重要な場面を撮影する許可をプロデューサーから拒否された。フィンチャーは命令に背き、シガニー・ウィーバーとカメラを掴んで、それでもこの場面を撮影した。この場面は最終版に収録されただけでなく予告編でも大きく取り上げられ、多くの人が本作を象徴するショットと評している。
リプリー役の配役にあたり、リドリー・スコット卿は制作オフィスの女性たち数人をスクリーンテストの見学に招き、女性の視点を取り入れた。女性たちは当時無名だったシガニー・ウィーバーに一致して感銘を受け、そのスクリーン上の存在感をジェーン・フォンダに例えた。
リドリー・スコット卿は、リプリー役の配役は最終的にシガニー・ウィーバーとメリル・ストリープの2人に絞られたと述べている。2人の女優はイェール大学時代の同級生だった。最終的にウィーバーが役をオファーされたのは、配役の時点でストリープがパートナーであるジョン・カザールの死を悼んでいたためだった。
ヴィンセント・ウォードとジョン・ファサノは、リプリーが「木の惑星」、つまり修道士たちが住む巨大な修道院を擁する人工の木質惑星に不時着するという脚本の草稿を何度も書き上げた。ウォードは監督も務める予定で、20世紀フォックスはその構想に基づいて（またシガニー・ウィーバーの出演料に開始期限が付いていたこともあって）すぐに製作をゴーサインした。計画予算の約5分の1がすでにセットに費やされていた一方で、ウォードは新たなセットピースを加えたトリートメントを書き続けていたが、フォックス、ウィーバー、プロデューサー陣はリプリーの物語が依然として未熟だと感じ、この木の惑星の説得力に疑問を持ち始めた。公開日が固定され、制作前費用がかさむ中、ダイ・ハード2（1990）やアビス（1989）など最近のフォックス作品が相次いで予算超過となっていたこともあり、スタジオはウォードに野心的な計画を抑え、費用削減と時間短縮のためにいくつかのセットピースを削るよう命じた。重役たちと衝突した末（ある緊迫した役員会議の際には、外のベンチで待たされたとも伝えられる）、ウォードは主な理由として「創造性の相違」を挙げてプロジェクトを離脱した。ウォードのアシスタントと結婚しており、後に書き直しのために呼ばれた脚本家のレックス・ピケットは2022年、スタジオはウォードの気まぐれな創作過程に長く寛容で、そこには何か「狂気の中の理屈」があると信じていたと付け加えた。しかし決定的な打撃となったのは、ウォードのコカイン使用疑惑で、これにより彼はプロジェクトの制御を完全に失った。薬物乱用のせいでウォードが自分が何をしているのか全く分かっていないとスタジオが知った時、彼は翌日解雇され、デヴィッド・フィンチャーが新監督として道を譲ることになった。
（約2時間5分の時点）シガニー・ウィーバーは当初、「Get away from her, you bitch」というセリフの最後の単語を低い声域で言うつもりだったが、最初のテイクで誤って声が上がってしまった。通常2、3テイク撮るジェームズ・キャメロン監督はそれを気に入り、別テイクを要求しなかった。このセリフはファンに非常に人気で、ほとんど必ずリプリーとまったく同じように、最後の単語に音調の強調を置いて引用される。
ジェームズ・キャメロンはターミネーター2（1991）でのリンダ・ハミルトンの演技に感銘を受け、彼女をアカデミー主演女優賞にノミネートさせるよう働きかけたが、実らなかった。本作ではシガニー・ウィーバーが主演女優賞にノミネートされたが、マーリー・マトリンに敗れた。シガニー・ウィーバーのキャラクターはMr. Destiny（1990）で「エレン・リプリー」と名付けられており、リンダ・ハミルトンのキャラクターもまたエレン・リプリーという名前だった。
シガニー・ウィーバーはリプリー役の再演のために100万ドルを受け取ったが、これはエイリアン（1979）からの出演料の30倍の増加だった。彼女はまた作品の興行収入の一定割合も受け取った。彼女の出演料はその後のエイリアン作品ごとに上がり続け、エイリアン3（1992）では550万ドル、そして最終的にAlien: Resurrection（1997）では1100万ドルに達したが、作品自体の収益性はその後次第に低下していった。
リプリーとクレメンスの性愛シーンが撮影され、作品の当初のカットに含まれていたが、削除された。
リプリーはニュートに「don't look at the light」と言う。この同じセリフは、リプリーを演じたシガニー・ウィーバーが出演したGhostbustersでも発せられている。
1990年に英国のITVで本作が初放送された際、すべての悪態は無名の声優によって吹き替えられた。あるシーンでハドソンは「The Sarge is gone! Get the f*** out of here!」と言うが、ITV放送では「The Sarge is gone! Get the hell out of here!!!」に変更され、またリプリーが「You know Burke, I don't know which species is worse. You don't see them f****** each other over a goddamn percentage.」と言う別のシーンでは、ITV放送では「You know Burke, I don't know which species is worse. You don't see them fricking each other over a goddamn percentage」に変更された。
シガニー・ウィーバーとジェームズ・キャメロンは、リプリーがエイリアンを憎んでいるかどうかについて長く議論した。キャメロンは憎んでいると考えたが、女優には懸念があった。彼は本作を単純明快な復讐物語だと考え、リプリーは自分に起きたことが他人に起きないようにするためなら何でもするだろうと伝えてウィーバーを説得した。
Aliens（1986）の公開前から、ジェームズ・キャメロンは20世紀フォックスから別の続編の打診を受けていた。キャメロンはAliensの制作中にいくつかの続編のアイデアを挙げており、たとえばリプリー、ニュート、ヒックスが家族として機能しようとすることや、ビショップが自分をより危険にするために誰かが脳に細工をしたと疑うことなどがあった。キャメロンは実際にスタジオに対し、エイリアン3にサー・リドリー・スコットを呼び戻せるならAlien 4をやると伝えていた。しかしスコットはエイリアン3にコミットせず、映画が制作に入る頃にはキャメロンのシリーズへの関心は薄れており、彼は他のプロジェクトを追求したかった。
シガニー・ウィーバーは最後にキャスティングされた俳優だった。オーディションの一部は、建設中だった本作のセットで撮影された。彼女は交通渋滞のためオーディションに急いで向かわなければならず、その赤らんだ顔色が、リプリーの有力候補としてふさわしいと制作者たちを納得させる助けとなった。
リプリーは本作で武器を手にしない。これはシガニー・ウィーバーが銃規制の支持者であり、前作エイリアン（1986）ではすでに銃器絡みのアクションが十分すぎるほど描かれていたと考えたためである。
（約52分の時点）約52分、クルーがキッチンの外でケインの状態について話し合う間、リプリーの背後に見える緑色のモニターには、意味のない文字とともに「Giler」という単語が表示されており、これはプロデューサーのデヴィッド・ガイラーの名前をもじったものである。
ジェームズ・キャメロンは、プロデューサーのデヴィッド・ガイラーとウォルター・ヒルとの仕事は時に険悪だったと振り返っている。2人はかなり漠然とした前提で本作の脚本を彼に依頼した。「具体的なものは何もなく、[リプリー]が軍人たちと一緒になって皆で惑星に戻るというアイデアだけだった」。いくつかのメモやストーリーのアイデアはあったものの、彼らのアウトラインは『そして他のくだらないことが起こる』で終わっていただけだった。キャメロンはほぼ独力で残りを考え出し、それに基づいて長編脚本を書くことになった。しかし、同時にターミネーター (1984) とランボー 怒りの脱出 (1985) も執筆していたため、締め切り時点で仕上がっていたのは90ページの脚本だけだった。「ガイラーは激怒したよ。ハリウッドで誰かが言うなんて思ってもみなかった言葉を、彼は実際に口にしたんだ——『この街ではもう二度と仕事はできないぞ！』」。それでもヒルは、とにかく提出すべきだと言った。後にキャメロンは、ガイラーとヒルが自分の草稿に対して自分たちを第1脚本家、彼を第3脚本家としてクレジットしていたことを知り、落胆した。「[彼らは]私のトリートメントで小切手を受け取り、私は何ももらえなかった。その件にはかなり腹が立った」。だが、ヒルとガイラーが他人から脚本クレジットを奪おうとしたのはこれが初めてではない。エイリアン (1979) のオリジナル脚本を書いたダン・オバノンも、彼らと同様の問題を抱えていた。彼らはオバノンの脚本を大幅に書き直したうえで、脚本クレジット（ひいては印税）を自分たちのものにしようとし、オバノンと彼の執筆パートナーであるロナルド・シャセットには、彼らのオリジナルのアイデアに対するストーリー・クレジットだけを与えるつもりだった。この件は全米脚本家組合の仲裁に持ち込まれ、組合はオバノン側の主張を認める裁定を下した。
序盤の夢のシーンでは、リプリーが自分の胸を突き破って出てくるチェストバスターの悪夢を見る。「実に素晴らしい効果なんです」とウィンストンは語った。「彼女がトップスをめくり上げると、チェストバスターが内側から押し出されて、全身が伸びるのがわかります。この仕掛けのために、シガニーはベッドの下の傾斜板の上にいて、その上に複製した器具の胴体があり、下にいる操作者がチェストバスターを押し上げていました。最初の作品を見た人なら誰でも、それが何なのか正確にわかるのに、実際には突き破ることはない——それが特に効果的でした。この効果は主にトム・ウッドラフ・ジュニアが担当しました」。
リプリーは、クリーチャーを倒す唯一の方法はスラコのメインエアロックから宇宙空間に放出することだと気づく。彼女にとってはおなじみの方法だ。「リプリーがパワーローダーのアームでクイーンを殴りつけ、首をつかんで空中に持ち上げるところ——あれはすべて実写で撮りました」とノタロは説明した。「そこからパペットに切り替え、ちょうどリプリーがクイーンをエアロックに放り込もうとするところを撮影しました。2人が戦うショットをいくつか撮り、それからクイーンがパワーローダーの右膝の油圧装置の1つを壊すと、それが折れ曲がって2人ともエアロックの底へ激しく落ちていくのです」。クイーンがエアロックに落ちる場面では、ダミーのクイーンが使われた。その後、実物大のクリーチャーがパワーローダーの模型の下で撮影された。クイーンが宇宙空間に放出される様子を描くため、セットのエアロック部分は天井にボルトで固定され、その下には星空の模様の布が敷かれた。クリーチャーがリプリーの脚につかまろうとし、最後に落下して最期を迎える場面では、ミニチュアと実物大のクイーン（ワイヤーで十分に支えられていた）の両方が使われた。クイーンがカメラに向かって落下しながら無意味にもがく最後のショットもまた、モーションコントロールシステムに取り付けられ、ブルースクリーンを背景に撮影された1:4スケールのパペットで実現した。視覚効果スーパーバイザーのブライアン・ジョンソン（すでにエイリアンで仕事をしていた）はこうコメントしている。「回転に加えて、クイーンにはワイヤー操作の頭の動き、ワイヤー操作の腕と脚があり、さらに尻尾を少し揺らすための外部ワイヤーも数本ありました——どれも再現不可能なものでした。だからこそ、またブルースクリーンを使わざるを得なかったのです」。
仲裁の規則に従い最終脚本のクレジットを得ているものの、ラリー・ファーガソンは本作の脚本を書き終えてさえいなかった。デヴィッド・フィンチャーが監督に起用されると、ファーガソンはヴィンセント・ウォードとジョン・ファサーノの脚本を4週間で緊急に書き直すよう雇われた。その脚本は、キリスト教の修道士たちが住む小さな小惑星上の巨大な修道院が舞台で、製作するには費用がかかりすぎると判断されていた。1992年5月のPREMIERE誌のインタビューで、フィンチャーはファーガソンの草稿について語り、おとぎ話のSnow White and the Seven DwarfsやPeter Panの物語との類似点があると述べた。リプリーは星から落ちて、修道士だらけの惑星にたどり着く女性になる予定だった。彼女はPeter Panのウェンディのように修道士たちに物語を語る。最後に彼女は死に、7人の修道士が残って7人の小人を象徴する。彼らは彼女を管に入れ、プリンス・チャーミングが目覚めさせに来るのを待つ。ファーガソンの脚本はあまりにひどいと見なされ、20世紀フォックスのCEOジョー・ロスはこの『7人の小人』の話を聞くと激怒して「何だって？！ あそこでは何をやっているんだ？！ 一体どうなっているんだ？！」と叫び、彼を解雇した。その後、プロデューサーのウォルター・ヒルとデヴィッド・ガイラーが自ら最終脚本を書くことになった。彼らは巨大な修道院を削除したが、フィンチャーとシガニー・ウィーバーの要請により宗教的な要素は残し、デヴィッド・トゥーヒーの以前の脚本にあった宇宙刑務所のアイデアと組み合わせた。
(およそ1時間50分のところ) およそ1時間50分、最後の戦いの最中に、リプリーは雨に唄えば (1952) でデビー・レイノルズが歌う歌の歌詞を口パクでなぞる。デビー・レイノルズは、スター・ウォーズ エピソード4／新たなる希望 (1977) でレイア姫を演じたキャリー・フィッシャーの母親である。シガニー・ウィーバーは同じ役のオーディションを受けたが、選ばれなかった。それでも、あの作品がエイリアンの製作ゴーサインにつながった理由として広く考えられているため、ウィーバーはその役を逃したものの、フィッシャーがスター・ウォーズ エピソード4／新たなる希望で成功した結果として、SFの名作で役を得ることになった。ウィーバーが敬意を込めてこの歌をアドリブで歌ったのではないかという説もある。この説についてはYouTubeのThe Deep Dive（2023年）にクレジットする。シガニー・ウィーバーはまだ確認していないが、誰も尋ねていないのかもしれない。
（約19分）本作ではリプリーが「白雪姫」と呼ばれる場面がある。シガーニー・ウィーヴァーは『グリム・ブラザーズ スノーホワイト』（1997）で悪い継母クラウディア・ホフマンを演じた。
『エイリアン』シリーズで彼女が演じたエレン・リプリーは、ゲーム『メトロイド』のヒロイン、サムス・アランの着想源になった。
ヴェロニカ・カートライトはもともとリプリー役のオーディションを受け、何度も脚本の読み合わせに参加していたが、リドリー・スコット監督が配役を変更した。シガーニー・ウィーヴァーは当初ランバート役を希望しており、ウォルター・ヒルとデヴィッド・ガイラーによる初期稿では、ランバートは冗談好きで危機の最中でもユーモアを絶やさない人物として描かれていた。最終的に製作陣は、スタジオ幹部が評価した一連のスクリーンテストを経てシガーニー・ウィーヴァーをリプリー役に据え、その結果、衣装合わせのためにイングランドへ到着したヴェロニカ・カートライトが、よりシリアスに作り直されたランバート役を得ることになった。
ヴィンセント・ウォード監督はリプリーが宇宙の修道院にたどり着く物語を構想し、ジョン・ファサーノ（ウォードのアイデアを脚本化するのを手伝った）と、後にグレッグ・プラス（ファサーノの脇役の扱いが紋切り型すぎるとウォードが感じたため）とともに執筆した。ウォードはリプリーを家族を求める生存者と見なし、「私生活を逃し、娘との関係を持てなかったことへの奇妙な償いを求める」人物と考えていたが、彼の脚本はシガーニー・ウィーヴァーの承認を得られず、彼女は自分のキャラクターが「怒りっぽい体育教師」のように描かれていると感じた。プラスは後に、ウォードはリプリーやエイリアンよりも自分が構想した世界の方に関心があるように見えたと語っている。プラスが企画から外れるとファサーノが戻って別稿を書いたが、予算をめぐるスタジオとの意見の相違から最終的に2人とも企画を離れた。その後さらに何度も書き直されたため、ファサーノもプラスもクレジットされていない。
ジェームズ・キャメロンとプロデューサーのゲイル・アン・ハードは、製作中に2度、そろって本作を降りかけている。ハードは1550万ドルの予算を要求したが、20世紀フォックスは1200万ドルを超える額を承認しようとせず、これがキャメロンとハードの最初の降板につながった。しかしフォックス社長のローレンス・ゴードンはキャメロンが描く本作の構想を強く支持し、会長のバリー・ディラーを説得してハードの提案を承認させた。ディラーは「間違いなく、これはラリーの作品だった」と述べている。その後、フォックスがシガーニー・ウィーヴァーを再びエレン・リプリー役に起用することに二の足を踏んでいることを知ると、キャメロンとハードは再び降板をほのめかした。スタジオは、彼女が『エイリアン』（1979）以降、興行を呼べるスターになっていたため出演料の要求が高すぎるのではないか、またキャメロンが彼女を欠かせない存在と考えていると知ればさらに高額を求めるのではないかと懸念していた。最終的にフォックスは折れ、ウィーヴァーが起用された。
(約35分のところ) 約35分の場面、検疫規則を理由にリプリーがダラス、ランバート、ケインのノストロモ号への入船を拒否するシーンは、2020年から2021年の新型コロナウイルス感染症の危機の際、インターネットのミームでたびたび引用され、検疫やロックダウンのルールを守る必要性を冗談めかして人々に思い起こさせた。
リプリー（シガーニー・ウィーヴァー）が着用していたカシオ F-100 デジタルウォッチは、2021年にカシオ A100 として復刻された。
2作目でリプリー役の再登板に向けてシガーニー・ウィーヴァーと出演料の交渉が進む中、スタジオはジェームズ・キャメロンにリプリーを外した別のストーリーラインの検討を求めたが、キャメロンはこのシリーズはリプリーそのものだと述べて拒否した。
ジェームズ・キャメロンは、1981年頃に書いた『E.T. (extraterrestrial)』と題する無関係の物語を脚本の下敷きにしたが、スティーヴン・スピルバーグが『E.T. the Extra-Terrestrial』（1982）という映画を製作中だと知って変更した。まず『Protein』と改題し、最終的に『Mother』に落ち着いた。金星の有毒な大気に耐えられるよう遺伝子操作された、人間と生物のハイブリッドの女性の物語だった。この物語には宇宙採掘やテラフォーミングに資金を出す複合企業も登場し、「ゼノモーフ」という言葉もこの草稿から生まれた。終盤ではリプリーによく似た人間の主人公が「パワーローダー」でその生物と戦い、ハイブリッドは我が子を守ろうとする。コロニアル・マリーンズはプロデューサーのデヴィッド・ガイラーとウォルター・ヒルの要望で加えられた。キャメロンは当時『ランボー 怒りの脱出』（1985）も執筆しており、ベトナム帰還兵や心的外傷後ストレス障害についての調査が、リプリーの物語を書く上で大いに役立った。人間にとって有毒な惑星大気というアイデアは、後にキャメロンの『アバター』（2009）で再利用された。
リドリー・スコット卿は当初、シャトル内の場面でリプリーを全裸にし、キャラクターをさらに危険な状況に置きたいと考え、エイリアンが彼女の体に性的興奮を覚える様子も描きたかった。似た場面は前日譚『プロメテウス』（2012）にも脚本として書かれ、メレディス・ヴィッカーズ（シャーリーズ・セロン）が冷凍睡眠の準備に服を脱ぐと、そこへトリロバイトに襲われるという内容だったが、書き直される前に撮影されたかは不明である。実際に撮影された場面では、ヴィッカーズが裸で腕立て伏せをする姿があったが、完成作品では下着姿のより控えめなバージョンが使われた。さらに次作『Alien: Covenant』（2017）では、アップワース（カリー・ヘルナンデス）がシャワー中にエイリアンに襲われる場面がある。
リプリーとランバートの間にレズビアンの関係を描くことについても議論があった。
ジェームズ・キャメロンは特に『エイリアン』（1979）のエレン・リプリーというキャラクターを中心に物語と脚本を組み立てていたため、シガニー・ウィーバーが続編に契約していないばかりか、役を再演するためにまだ連絡すら取っていなかったことを知り、落胆した。やがてキャメロン自身が彼女に連絡して脚本を渡すと、ウィーバーは関心を示したものの、その間に彼女が興行を呼べるスターになっていたこともあり、上がった出演料の要求にスタジオが難色を示した。契約交渉をめぐる難航ぶりは深刻で、結婚したばかりのキャメロンとゲイル・アン・ハードは、新婚旅行から戻るまでに契約がまとまらなければ手を引くと宣言した。戻ってみると進展はなく、撮影開始まで数か月しかなかったため、ウィーバー抜きで作品を作るつもりはなく、一方で自分が作り出した締め切りの状況にも警戒していたキャメロンは、ある策を練った。アーノルド・シュワルツェネッガーのエージェントに電話をかけて気軽に話し、『ターミネーター』（1984）でハリウッドでの立場を得たおかげで、リプリーを脚本から外してこの作品を完全に自分のものにするつもりだと伝えたのだ。キャメロンの予想どおり、シュワルツェネッガーのエージェントはすぐにその情報をICMでウィーバーを担当する同僚に伝え、同僚はさらに20世紀フォックスの製作責任者ローレンス・ゴードンを訪ねた。リプリーをいかなる状況でも脚本から外さないと決意していた2人は、時を置かずしてウィーバーの契約をまとめた。後にキャメロンは、このブラフが功を奏してほっとしたと語っている。うまくいかなければ、作品自体がおそらく中止になっていたからだ。
ヒックス伍長の海兵隊アーマーとリプリーの火炎放射器は、シアトルのMuseum of Pop Cultureに常設展示されており、スペースニードルのちょうど向かいに位置している。
デヴィッド・フィンチャー監督は、リプリーが悲嘆の5段階（エリザベス・キューブラー＝ロスモデルに基づく否認、怒り、取引、抑うつ、受容）を経ることを意図していた。
脚本家でプロデューサーのデヴィッド・ガイラーは、この映画の脚本を書いたことを後悔していると述べている。プロデューサーとしての権威が損なわれたからだ。ガイラーが脚本を引き受けたのは、ヴィンセント・ウォード監督の降板後にシガニー・ウィーバーから要請されたためだった。ウィーバーはウォードの脚本（その中のリプリーを「怒り狂った体育教師」と評した）や、続くラリー・ファーガソンの草稿に満足せず、ガイラーと共同プロデューサーのウォルター・ヒルが書き直すことを条件にしか出演に同意しなかった。ヒルはこれを「手錠をかけられた状態での作業、すなわち既に建てられたセットや、我々が同意していないのに決まっていた筋運びに合わせて書くこと」と表現した。2人は、この状況が自分たちとウィーバー、フィンチャー監督、フォックス幹部との間に多くの衝突を生んだと語っている。彼らは名目上、経験の浅いフィンチャーの上司でありながら、彼の創造的な意見にも耳を傾けなければならなかったからだ。これは製作全体に深刻な影響を及ぼした。フォックスが自分たちよりフィンチャーの側につくことに、しばしば蚊帳の外に置かれたと感じたからだ。特に激しい意見の衝突の後、ガイラーとヒルはロンドンのセットを離れ、職務をフォックスの上級副社長ジョン・ランダウに任せた。ランダウはやがて、作品が予定より10日遅れた際にラインプロデューサーのエズラ・スワードロウから引き継ぎ、セットの費用や撮影シーンの長さをめぐってフィンチャーと頻繁にぶつかった（フィンチャーはこれを「建設的な血みどろの戦い」と呼んだ）。さらに2週間後、ランダウは製作を中断し、製作陣全体をアメリカに戻して試写を行い、不足しているシークエンスを洗い出した。スタジオは当初、LAのスタジオでの追加撮影を8日間だけ認めたが、それでは足りないと分かると、後にフィンチャーの求める6週間に折れた。その後、新たな編集版が試写されると、スタジオは抜本的な再編集と再撮影を要求し、その結果フィンチャーも降板した。
『エイリアン』4部作におけるエレン・リプリー役の彼女の演技は、Premiere誌の「史上最高の映画キャラクター100」で第8位にランクインしている。
プロデューサーのデヴィッド・ガイラーとウォルター・ヒルは、3作目を作ることに熱意はなく、むしろ「少しうんざりしていた」と認めつつも、20世紀フォックスが繰り返し求めてきたため折れた。脚本の当初の草稿にはリプリーは登場しなかった。シガニー・ウィーバーが「頑なに参加したがらない様子だった」からだ。ウィーバーは、スタジオが『エイリアン2』（1986）の上映時間を短縮し、特に彼女のキャラクターのシーンをいくつかカットしたこと（リプリーの娘に関するシーンを含み、これらは後に『エイリアン2 スペシャル・エディション』で復元された）に不満を抱いており、『エイリアン』作品の製作を出産に例えていた。彼女は当初、ほんの小さなカメオ出演にだけ同意していた。「リプリーは物語の重荷になるでしょう。あのキャラクターにはできる側面も限られていますから」。最終的に、スタジオがリプリーこそシリーズの中心だと判断し、ヒルとガイラーが「3部作を締めくくる」最後の作品にすると決めたことで、彼女は主演を引き受ける気になった。
彼女は『エイリアン2』（1986）のエレン・リプリー役で1987年サターン賞主演女優賞を、『アバター』（2009）のグレース・オーガスティン博士役で2010年サターン賞助演女優賞を受賞した。どちらの作品も脚本・監督はジェームズ・キャメロンが務めている。
クレメンス博士（チャールズ・ダンス）はウォルター・ヒルとデヴィッド・ガイラーによる脚本の書き直しで初めて登場し、デヴィッド・トゥーヒーの初期脚本にあったパッカードという女性と、ヴィンセント・ウォードとジョン・ファサーノによる版のブラザー・ジョンの組み合わせである可能性が高い。パッカードは宇宙刑務所の医務官で主人公を助け、ブラザー・ジョンは人工惑星の修道院にたどり着いたリプリーに同情的な数少ない修道士の1人だった。ジョンはリプリーのEEVが水中に墜落するのを目撃する点も、本編の長いアッセンブリー・カットにおけるクレメンスと似ている。クレメンスのモルヒネ依存は『エイリアン』（1979）のケインと共通点があり、ケインも薬物依存によって経歴を台無しにされた過去を持つ。ゲーム『Alien: Isolation』（2014）のクールマン博士も後に似た薬物依存を抱えることになる。
リプリーとランバートの同性愛関係を盛り込む案について議論があった。2人の私的な会話の中でリプリーがランバートを慰め、何度か彼女の顔を撫でるシーンが撮影され、関係性をより露骨に示唆していたが、最終版からは削除された。リプリーとダラスの気軽な性行為のシーンも計画されていたものの、テンポの都合で撮影されず、2人の間にそれ以上の関係があるのか本編では明かされないことはよく知られている。ヴェロニカ・カートライトとトム・スケリットは、ランバートとダラスが不倫関係にあったと冗談めかして語っており、それがダラス失踪後にランバートがひどく泣き、その後まで船を放棄したがらない理由だという。
シガニー・ウィーバーが続編への出演に乗り気でなかったこともあり、本作にリプリーのキャラクターを登場させるべきかどうか疑問視する声があった。そのため初期の脚本草稿の多くでは彼女のキャラクターは外されていた。転機となったのは、当時の20世紀フォックス社長ジョー・ロスの「シガニーなしでこの映画は作らない。彼女はシリーズの中心であり、[リプリーは]まさに我々の映画神話における唯一の女性戦士だ」という発言だった。ロスの要請でリプリーは再び登場することになり、ウィーバーには復帰を熱心に働きかけ、報酬400万ドルに加えて興行収入の分配も提示されたと報じられている。
ヴェロニカ・カートライト（ランバート）とシガニー・ウィーバー（リプリー）は、2人ともリプリー役のオーディションを受けていた。カートライトが自分がリプリー役ではないと知ったのは、ランバート役の衣装テストのために初めて呼ばれた時のことだった。
(約9分の場面) 約9分、リプリーが地球との無線交信を試みる際、「こちらはソロモン諸島から来たノストロモ号」と言う。彼女が指す架空の宇宙域は、文明から遠く離れた実在の太平洋のソロモン諸島へのオマージュである可能性がある。本作でノストロモ号は地球文明から遠く離れた場所にいる。
(約1時間7分の場面) リプリーがAPCを運転する際、車輪の1つでエイリアンの頭を踏み潰す。
エイリアン・クイーンは当初ストップモーションで表現する予定だったが、ジェームズ・キャメロン監督はすべて実写で行うことを望んだ。スタン・ウィンストンによれば、最終決戦に登場するクイーン（彼が「映画史上最大のマリオネット」と呼んだもの）は、ロッドパペット、油圧、ラジコン、ワイヤーを使って動かされていた。実物大のクイーンはゆっくりとしか動かせなかったため、これらのシーンは低いフレームレートで撮影され、シガニー・ウィーバーもずっとゆっくり動く必要があった。通常の速度で再生すると、クイーンの動きも適度に速くなる仕組みだった。最終決戦の一部のワイドショットでは、クイーンとパワーローダーに乗ったリプリーの精巧なミニチュアが使われた。パワーローダーがエアロックから放出されるショットの撮影中、高価なミニチュアを受け止めるために布が下に張られた。しかし運悪く布を突き破って地面に落ちてしまい、追加撮影のために急いで接着しなければならなかった。
シリーズで初めて、リプリーが電子機器に向かって速くしろ、あるいは止まれと叫ばない作品である。代わりに彼女の叫びのほとんどはエイリアンに向けられている。
ジェームズ・キャメロン監督は一貫して、クイーン対パワーローダーのリプリーの戦いは、当時実現できた実写アニマトロニクス特殊効果とミニチュア撮影の最良の組み合わせで作られたと述べているが、それでも当時CGIが利用可能だったらこのシーンがどうなっていたかを考察せずにはいられないという。彼の結論では、戦いは間違いなくよりダイナミックになり、機械もクイーンもより機敏に動き、互いに飛びかかっただろう。しかし一方で、伝統的な特殊効果の舞台裏の技法を明かさないためには、短くタイトなショットに頼らざるを得ず、それが戦いをより緊迫感と雰囲気のあるものにしているとも認めている。キャメロンはまた、効果を成立させたシガニー・ウィーバーの功績を全面的に称え、怪物への彼女の自然な反応がなければこのシーンは決して成立しなかったと語っている。
デヴィッド・フィンチャーの当初の構想では、リプリーは落下中にクイーンが実際に彼女から飛び出すことなく自らを犠牲にするはずだった。しかしプロデューサーのデヴィッド・ガイラーはこの案に反対し、映画の最後に報いとなるシーケンスを入れることに固執した。エドランドはこう振り返る。「元々の背景はリプリーが真っ白な空間に落ち、その中に溶けていくだけでした。とても様式的で、ずっと映画的な結末でした。本当に美しかったのですが、デヴィッド・ガイラーがやって来て、それについての感想と、映画はリプリーのチェストバスターで締めくくられるべきだと感じていることを告げました」。エドランドはそれ以外は変更に満足しており、「正直に言えば、変更は気に入りました。観客はこういうものをある程度期待していますし、元の結末では得られなかった報いが得られました。問題は、決定が下った時点で、撮影と合成に使える時間が2週間余りしかなく、しかも3つか4つの非常に複雑なブルースクリーン撮影——映画の結末と、観客が劇場を出るときの印象に影響する重要なもの——をこなさなければならなかったことです」と語った。フィンチャーはこの案に反対したが、実行せざるを得なかった。彼はこう述べている。「クリーチャーを見せる必要があるとは全く思っていませんでした。試写で観客に見せたところ、これをやるべきだという結果になりました。私は非常に反対で、足を引っ張りながら『信じられない、モンスターを見せることは重要だとは思わない』と言いました。最初の映画の2つの最も強烈なイメージ、チェストバスターとリプリーというキャラクターをようやく見ることで得られるカタルシスが何であれ、彼女が舌を噛みながら映画を去るのなら、観客は今より悪い気持ちで劇場を後にするでしょう。私は『何があっても、最後には彼女は安らかでなければならない。歯を食いしばって汗をかくのではなく、ため息でなければならない』と言いました」。彼はまた、「それは下品でした。彼女が火の中に落ちる前に引き裂かれるのなら、それは犠牲ではなく清掃作業です。このものを体内に抱えたまま自ら虚空へ踏み出すことのほうが、私にはより気高いように思えました」と付け加えた。リプリーの犠牲のオリジナル版は、2003年のアセンブリー・カットで復元された。
ケイ・レンツはリプリー役のオーディションを受けた。
（約1時間1分の時点）リプリー、ブレット、パーカーがクリーチャーを探しているとき、赤と白のチェッカーボード模様の扉の前に出くわす。扉の奥には猫のジョーンズがいた。この模様はキャットフードを製造するラルストン・ピュリナが使用しているものと同じだ。
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（約1時間9分の時点）エイリアンの侵入に対するリプリーの過激な解決策を指す「軌道から核攻撃」というフレーズは、問題を完全に排除する方法として一般語彙に定着した。
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（約1時間50分の時点）リプリーが生き延びるための心理的な支えとして「You Are My Lucky Star」をつぶやきながらゼノモーフを排除するというアイデアを思いついたのはシガニー・ウィーバーだった。リドリー・スコット卿は、その曲の権利が高額だったために制作スタジオからどれほど非難されたかを語っている。
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アッシュが丸めた雑誌をリプリーの口に押し込むシーンを撮影する前、リドリー・スコット卿はシガニー・ウィーバーに、イアン・ホルム卿が雑誌を「up your hooter」に突っ込むつもりだと伝えた。「鼻」を意味するイギリス俗語にウィーバーは少なからず困惑した。というのも「hooter」はアメリカ俗語で「乳房」を意味するからだ。もちろんスコットは実際には彼女の口を指しており、後にアッシュがリプリーの口に雑誌を押し込むのは彼にとって性的な発散の一形態だと述べている。
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冒頭でバークとゴーマンがリプリーを訪ねたとき、バークはテーブルに置かれたリプリーの衣服をいじり（彼女は迷惑そうにそれをどける）、また（画面外で）断りもなく自分のコーヒーにミルクかクリームを勝手に加える。こうした細部は、リプリーに対して「いい人」の仮面をかぶっているものの、バークの利己的で傲慢な本性を予兆させるのに役立っている。
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ロボットアームがシャトルを切り裂く映像と、レーザーが眠るリプリーを発見するオープニング映像の両方を制作する予算はなかった。ジェームズ・キャメロンは自腹でレーザーの映像を追加した。
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この映画は当初、リプリーがシャトルでノストロモ号から脱出し、エイリアンがノストロモ号船上で死ぬという結末で脚本が書かれていた。リドリー・スコット卿はこの結末があまりに単純すぎると考え、スタジオと交渉して50万ドルの追加予算と1週間の撮影期間を獲得し、エイリアンがシャトルに密航していたことを描く「第4幕」を追加した。スコットは当初、リプリーがエイリアンを追い出そうとするがクリーチャーがシャトルに戻ってきてしまい、リプリーが銛を打ち込むものの効果はなく、クリーチャーが彼女に向かって走り、マスクを突き破って彼女の頭を引きちぎるという非常に暗い結末を構想していた。その後クリーチャーは彼女の椅子に座り、ダラス船長の声を真似て「通信を終了する。ネットワークが私を拾ってくれることを願う」と言うのだった。20世紀フォックスはあまり喜ばず、スコットによれば電話でこのアイデアを説明しているとき、長く気まずい沈黙があったという。14時間以内にスタジオの重役が到着し、エイリアンが死ぬ結末に変更しなければ即座に解雇すると脅した。その後、リプリーとエイリアンはシャトルの外に吸い出され、リプリーを機体につなぐ安全ケーブルでぶら下がることになり、彼女が再び乗り込んでエンジンを起動してエイリアンを殺すという展開が予定されていたが、時間的制約のため簡略化せざるを得なかった。スコットは後に、リプリーを生き延びさせる方がより良い結末だったと認めている。
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ゲイル・アン・ハードは、プロデューサーとして最も感激した瞬間はハリウッドでの初日に映画を観たことで、リプリーが「Get away from her, you bitch.」というセリフを言ったときに観客が大騒ぎになったことだと述べている。ビル・パクストンに説得されてプレミアに来たマーク・ロルストンは、チェストバスターが体から這い出る瞬間にスタジオ幹部が席から飛び上がったのを覚えており、この映画はヒットすると確信したという。
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(約1時間50分のところ) 約1時間50分、リプリーが目印のフレアを落とすとき、彼女の靴に「Reebok」のロゴがはっきりと見える。映画の設定年代を考えると奇妙だが、Reebokは今もこの靴を販売しており、「エイリアン」の名を冠したモデルとして知られている。ただし、「Reebok」のロゴはもっと早く(約28分のところ)、リプリーがパワーローダーで最初の一歩を踏み出す積み込みベイでも確認できる。
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劇場版では、囚人のゴリック（ポール・マッガン）はエイリアンがクレメンス博士を殺す場面が最後の登場で、廃棄物処理ユニットにエイリアンを閉じ込めるという失敗した計画の犠牲者の1人とされている。しかし、ゴリックは元々より大きなサブプロットの一部だった。エイリアンとの最初の遭遇は、熱で歪んだ炎の竜としてクリーチャーを想像する場面として脚本に書かれていた。リプリーの計画が実際に成功する長いシークエンスが脚本化され撮影された。火災の混乱の中、エイリアンが現れ、囚人の1人が自らの命と引き換えにクリーチャーを廃棄物処理ユニットにおびき寄せ、残りの者たちがそれを閉じ込める。しかし、エイリアンに2度も命を助けられたことで妄想的な崇拝を抱くゴリックがクリーチャーを再び解放し、リプリーと生き残った囚人たちはエイリアンを鉛の鋳型の中におびき寄せる新たな計画を立てざるを得なくなる。デヴィッド・フィンチャー監督によれば、ゴリックはエイリアンが全員を殺すがリプリーと自分だけは意図的に助け、世界を再び埋め尽くすアダムとイブのような存在になると思い込んでいたという。フィンチャーはまた、完成版の映画が18歳の観客による試写で上映され、彼らは映画にもゴリックというキャラクターにも関心を示さなかったと述べている。否定的な反応と、1日あたりの上映回数を増やすために短い映画を好むスタジオの意向に基づき、サブプロット全体が劇場版から削除されたが、拡張版のアセンブリー・カットでは復元されている。
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（約38分の時点）元々カットされたが、ディレクターズ・カットで再挿入されたシーンでは、ランバートがリプリーに平手打ちをする。リプリーが自分、ダラス、ケインを船に戻すことを拒否したことへの報復である。リドリー・スコット卿とヴェロニカ・カートライトによれば、彼女がシガニー・ウィーバーを平手打ちしようとするたびに、シガニーは身を引いてしまった。このテイクを3、4回繰り返した後、スコットはついにカートライトに「遠慮しないで。本当に叩いて」と言った。こうしてウィーバー、ヤフェット・コットー、ハリー・ディーン・スタントンの非常にリアルな驚いた反応が生まれた。
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終盤、リプリーがシャトルのエアロックからエイリアンを吹き飛ばすエアロックのシーンは、SFシリーズ『機甲戦虫紀LEXX』(1996)のエピソード791(1999)でパロディ化されている。乗組員が放棄された刑務所輸送船に乗り込むと、スタンリー・トゥイードルは、自身に不穏なホモエロティックな衝動を抱くサイボーグに追われる。スタンリーは船のエアロックの1つにたどり着き、手すりに身を固定した後、サイボーグを船外へ吹き飛ばそうとする。吹き飛ばされまいともがくサイボーグに、スタンリーがハープーンガンで撃ち込もうとするまでは順調だったが、弾は外れ、サイボーグはケーブルを使って船内に引き戻される。おそらくカイが介入し、サイボーグは最終的にエアロックから出ていく。
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リプリーは、1979年のオリジナル版と本作の両方で、母性にまつわる何かを「ビッチ」と呼んでいる。『エイリアン』では船のコンピューターである「マザー」、そして本作ではエイリアンの女王だ。
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1983年9月21日、脚本家兼監督のジェームズ・キャメロンは、当時まだ「Alien II」と呼ばれていた本作の最初のストーリー・トリートメントを提出した(1991年のコレクターズ・エディション・レーザーディスクと2003年のAlien Quadrilogy DVDボックスセットに特典として収録)。この初期トリートメントと最終版の主な違いは以下の通り。 * チェストバスターの悪夢の代わりに、リプリーはノストロモ号のエアロックでエイリアンと対面する夢を見る。 * リプリーは実際の庭園がある地球ステーション・ベータに連れて行かれ、ゲートウェイ・ステーションはコロニアル・マリーンズ(ここではコロニアル・ガードと呼ばれる)の駐屯地となっている。 * リプリーの娘はまだ生きており、宇宙に行って自分を捨てたとリプリーを辛辣に責める、心の痛むビデオフォンでの会話を交わす。 * ウェイランド・ユタニはもはや存在せず(別の企業に買収された)、カーター・バークも登場しない。代わりにリプリーはオニール博士という男に会うが、彼はリプリーやマリーンズと共にコロニー惑星へは行かないため、ゼノモーフの標本を密かに入手しようとする企業の陰謀は存在しない。 * コロニー惑星の名前はLV-426ではなく、『エイリアン』(1979)の脚本から取られたアケロンである。 * 惑星上には大気処理装置が1基だけでなく複数ある。 * ニュートの父親は1人で放棄船に入り、彼との連絡はすべて途絶える。妻は助けを求め、捜索チームを内部へ導き、そこで彼らは(火山性の堆積物に半分埋もれた)スペース・ジョッキーを発見する。彼らはエッグ・チェンバーで頭にフェイスハガーを付けられたラス・ジョーダンを見つけ、その後チームは数十体のフェイスハガーに襲われる。 * APCは、マリーンズが(追跡するPDTがないため)捜索を大気処理装置まで広げることを決めるまで配備されず、その大気処理装置も外側をエイリアンの巣に覆われている。より多くの入植者が内部で生きて発見される。 * エイリアンは人々を拉致する前に、尾で刺して麻痺させる。これはエイポーンにも起こり、彼は救出されるが二度と目覚めない。ゴーマンは意識を保つが、その後の彼の命令は他の者たちにほとんど無視される。 * ドロップシップは大気処理装置に直接墜落し、APCは無事で、後にコロニーの入口をバリケードするのに使われる。 * サラコ号に残っていたビショップに連絡が取れるが、2機目のドロップシップの着陸には時間がかかるため、リプリーとヒックスはシャトルを探すが失敗に終わる。 * マリーンズはコロニーの外側を強化するだけであり、エイリアンが地下トンネルから侵入できることに気づくのは手遅れになってからである。ハドソンは捕まり、APCで逃げようとする試みが失敗した後、生き残って一連の通気口にたどり着くのは少数のグループだけである。繭に包まれたハドソンが無線で彼らに連絡し、「巨大なエイリアン」1体とシャトルがある部屋について話すが、直後に連絡が途絶える。 * 通気口を通って脱出する際、ヴァスケスとゴーマンはリプリー、ニュート、ヒックスのために自らを犠牲にし、3人は着陸地点にたどり着く。しかしビショップは、ゼノモーフが惑星から出てしまう危険性が大きすぎるとして、着陸して彼らを回収することを拒否する。彼は悪態をつくリプリーにこう告げる。「やっぱり君の俺に対する見方は最初から正しかったようだ」。 * 3人の生存者は、エイリアンに刺され拉致されることを自ら許す。彼らはアトロピンを注射していたため麻痺しない。予想通り、彼らはシャトルのある部屋で繭に包まれることになり、それは戦士エイリアンの小型でアルビノの個体で、腹部から伸びる管で犠牲者に直接チェストバスターを植え付ける。リプリーは彼らを撃ち、女王と戦い、入植者たちのシャトルでニュートと共にサラコ号へ戻る(女王も密かにそれに乗り込んでいる)。ヒックスはすでに寄生されていたため、その場に残ることを選ぶ。 * 最初のドラフト脚本は1985年5月30日にキャメロンによって提出され、トリートメントとはかなり異なっていたが、最終版に非常に近いものだった。
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特別版には17分の追加シーンが収録されている。リプリーがバークと娘について話す場面、リプリーが役員会で降格される場面、ニュートの両親がLV-426で放棄されたエイリアンの船を発見する場面、マリーンズが目覚める前のサラコ号の船内ツアー、ハドソンが自分の武器について自慢する場面、リプリーが惑星のコロニー複合施設に入る前にためらう場面、ロボットのセントリーガンが2度のエイリアンの襲撃を撃退する場面、エイリアンのリーダーが卵の源だとマリーンズが推測する場面、そしてヒックスとリプリーがファーストネームを交わす場面。さらに、LV-426で子供がビッグホイールに乗るシーンも含まれており、これは同じくジェームズ・キャメロン監督の『ターミネーター』(1984)で登場したものに似ている。
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シガニー・ウィーバーの希望（彼女は『エイリアン』の続編を作りたくなかった）に従い、デヴィッド・フィンチャーは、リプリーが最後に死ぬ必要があるとスタジオを説得した。これにはプロデューサーのウォルター・ヒルとデヴィッド・ガイラーが反対し、彼女が生き残ることを望んでいた（ただしヒルは後に、「リプリーが宇宙からエイリアンを排除しつつ自らを犠牲にすること」が製作の唯一の条件だったと主張している）。フィンチャーは、最初の作品で「下着姿の犠牲者」として始まり、どこへ行っても彼女につきまとうように見えた「エイリアンの呪い」から逃れるための無私の行為で終わる彼女の物語にとって、それが唯一の論理的な結末だと感じていた。当初の脚本の結末では、リプリーは熱い溶けた鉛の中に身を投じて死ぬことになっていた。スタジオの重役たちが、これが『ターミネーター2』（1991）の結末と非常によく似ていることを知ると、2つの作品を差別化するため、最後の瞬間にチェストバスターがリプリーから出てくることに決めた。フィンチャーはこの追加に反対したが、決定を迫られると、できる限りカタルシスがあるものにしなければならないと主張した。つまり、チェストバスターが出た瞬間にリプリーは安らかでなければならず、「歯を食いしばって汗をかくのではなく、ため息」を見せる必要があった。新しい結末は映画公開の4日前に撮影された。チェストバスターなしの元の結末は、後にDVDとBlu-rayでリリースされた拡張版アッセンブリー・カットで復活した。
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ダン・オバノンとロナルド・シャセットは、脚本にすべてのキャラクターを男性にも女性にもできるという条項を盛り込んでいたが、ホラー映画ですでにクリシェになりつつあった事柄を避けたいと考えていた。つまり、危険にさらされた女性がクライマックスで殺人者と対峙する唯一の生き残りになるというもので、後に「ファイナル・ガール」のトロープと呼ばれるようになった。皮肉なことに、リプリーというキャラクターはまさにそうなったが、最初から彼女は典型的なホラー映画の「ファイナル・ガール」よりもはるかに強く、機知に富んでいることは指摘しておかなければならない。
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リプリーに張り付いたフェイスハガーのスキャンを示すモニター上の3Dモデルには、メリル・ストリープの顔のキャストが使われた。当時、シガニー・ウィーバーの顔のキャストは作られていなかったためだ。偶然にも、ストリープはウィーバーが役を得る前に『エイリアン』のリプリー役の最終候補女優の1人だった。
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(約2時間の時点) 約2時間の時点で、リプリーとニュートがエレベーターを待つ間にエイリアン・クイーンが現れる際に流れる音楽は、ジェリー・ゴールドスミスが『エイリアン』のために作曲したスコアからの再利用曲だ。テーマ的には、この音楽は両作品で同じタイミングに現れる。終盤、リプリーが脱出しようとするが突然エイリアンに直面し、周囲の環境が自爆へのカウントダウンを進める時だ（『エイリアン』ではノストロモ号、『エイリアン2』では大気処理装置）。もう1つの再利用されたスコアは、リプリーがプラットフォームに到着し、ビショップがドロップシップで去ったことに驚く場面で聞かれる。『エイリアン』では、パーカーとランバートがエイリアンに襲われ殺される際に聞かれた。
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DVDのコメンタリーでサー・リドリー・スコットによると、彼はスペースシャトル内でのリプリーとエイリアンの終盤の場面に、リプリーが完全に服を脱ぎ、エイリアンが彼女に性的に興奮するという瞬間を思い描いていた。スコットによれば、その場面ではリプリーがクローゼットに隠れた後、エイリアンが彼女を見つけ、ガラス戸越しに彼女を見つめることになっていた。そしてエイリアンは自分の体をリプリーの体と比較するかのように、自分自身を触り始める。このアイデアは最終的に却下された。
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ディロンの死は、撮影台本の初期バージョンではかなり異なって書かれていた。当初、彼はリプリーと共に鉛の鋳型から無事に登り切ることになっており、その後、鉛がエイリアンに注がれ、おそらくそれを殺す。リプリーは、怪物が死んだら自分を殺すという約束を果たすようディロンに頼む。ディロンは彼女の喉に手を回すが、結局彼女を殺すことはできない。その時点でエイリアンが鋳型から現れ、ディロンを鉛の中に引き込み殺す。撮影はされなかったが、ノベライズとコミカライズの両方がこの結末を使用した。
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ケインの遺体の運命は脚本から変更された。当初、彼の遺体は丁重に宇宙空間に放出され漂うことになっていたが、ノストロモ号のアンテナアレイに絡まってしまう。後にリプリーがアッシュを疑い、彼の科学コンソールを確認していると、ケインの遺体が外の窓にぶつかり、彼女は大いに驚かされる。この場面は絵コンテまで作られ、サー・ジョン・ハートが着るための死装束も作られたが、予算と時間の制約でいくつかの場面が削られ、ケインの葬儀は彼の遺体が急速に宇宙空間へ射出される形に変更された。
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(約16分の時点) 約16分の時点で、リプリーのアパートにあるミニチュアのバスルームは、実際にはブリティッシュ・エアウェイズから購入した同航空会社のトイレだ。
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ダン・オバノンとロナルド・シャセットによる当初の脚本では、キャラクターの名前はスタンダード、ロビー、ブルサード、メルコニス、ハンター、ファウストだった（アッシュというキャラクターはいなかった）。プロデューサーのウォルター・ヒルとデヴィッド・ガイラーはこれらの名前を嫌い、改訂中に何度も変更した。最終的にダラス、リプリー、ケイン、ランバート、パーカー、ブレットに落ち着き、アッシュが加えられた。ヒルによれば、リプリーは『Believe It or Not』で知られるロバート・L・リプリーにちなんで名付けられ、映画のIDカードのために、彼は母親のミドルネームであるエレンを彼女のファーストネームに使った。ブレット、パーカー、ランバートは、アスリートのジョージ・ブレット、デイブ・パーカー、ジャック・ランバートにちなんで名付けられた。オバノンとシャセットの脚本には、すべてのキャラクターが「ユニセックス」、つまり男性でも女性でもキャスティングできることを示す条項もあり、したがって姓だけで呼ばれていた。少数の性別を特定する代名詞（heやshe）はキャスティング後に修正された。ヒルとガイラーは女性船長のアイデアをいじってみたが、最終的に最後の生存者を女性にすることに決めた。これはシャセットとオバノンが考えもしなかったことだ。驚くべきことに、このアイデアを提案したのは脚本家、プロデューサー、監督の誰でもなく、スタジオの重役アラン・ラッド・ジュニアだった。
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リプリーがスプリンクラーを引いてエイリアンに冷水を浴びせる前、彼女は元々「これが最後よ！」と言っていた。このセリフは予告編で大きく取り上げられたが、完成した映画のどのバージョンにも含まれていない。
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リプリーがシャトルの起動手順を進める中、モニターに「Environmental CTR Purge」の画面が一瞬映る。同じ画面は『ブレードランナー』(1982)で、ガフが飛行パトカーでデッカードをブライアントの下へ連れて行く場面にも登場しており、これが『エイリアン』と『ブレードランナー』は同一の架空世界で起きているという説を裏付ける根拠となり、リドリー・スコット監督自身もこの説を支持している。
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前日譚の『プロメテウス』(2012)と『エイリアン コヴェナント』(2017)を除けば、オリジナルの『エイリアン』シリーズおよびスピンオフ作品の中で、エイリアン・クイーンのバリエーションが登場しないのは本作だけである。『エイリアン2』(1986)、『エイリアン4』(1997)、『エイリアンVS.プレデター』(2004)には成体のクイーンが大きく登場し、『エイリアン3』(1992)では第3幕でリプリーが体内でエイリアンの女王の胚が育っていることに気づく。また『Aliens vs. Predator: Requiem』(2007)には、監督によれば未成熟のプレデリアン・クイーンが登場する。その理由は、エイリアン・クイーンの概念を『エイリアン2』(1986)のためにジェームズ・キャメロンが考案したため、本作の制作時にはそのアイデアが存在しなかったからだ。代わりに脚本と削除シーンでは、エイリアンがブレットをエイリアンの卵に変え、ダラスを宿主にしようとすることで自ら種を存続させられることが示されていた。このシーンはテンポの都合でカットされたが、ディレクターズ・カットで復活している。
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リプリーがケインを24時間隔離するよう提案していれば事態は変わったのか、については議論が多い。フェイスハガーは数時間後にケインから這い出て、そのまま死んだ。その後ケインはさらに数時間生き延び、やがてエイリアンが彼の体内から飛び出した。隔離していても同じ経過はたどったはずだが、隔離されたエイリアンは船内の他の区域へ簡単に逃げ出して乗組員を襲うことは難しかったかもしれない。一方で、エイリアンはいずれ成長して隔離区域を破って出てきただろうから意味はなかった、という声もある。パーカーの提案どおり、地球の医師や科学者が対処できるまでケインを「冷凍」して帰路につけばよかった、というファンもいる。エイリアンもケインと一緒に冷凍され、2体とも帰還の途上で生き延びられなかった可能性があり、そうなればエイリアンは死に、乗組員や他の誰かを危険にさらすこともなかっただろう。たとえ生き延びて帰還したとしても、孵化した怪物にはノストロモ号の乗組員よりも地球の科学者のほうが効果的に対処できたかもしれない。
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脚本にはあったものの一部しか撮影されなかったシーンは「エアロック・シーン」と呼ばれている。リプリーがアッシュの特別命令を知るシーンの後に置かれる予定だった。パーカーは火炎放射器に燃料を補給しながら、インターホンでリプリーとランバートに連絡し、内側のエアロックの扉近くの通路をエイリアンが動いているのを見ていると伝える。エイリアンがエアロックに入れば宇宙空間へ吹き飛ばせると考え、ブリッジから内側の扉を開けるよう2人に頼む。作戦はうまくいったように見え、エイリアンは回転する緑の光に魅入られたように中へ入る。リプリーが外側の扉を開き、内側の扉を閉めようとしたその時、警報が突然鳴り響く。驚いたエイリアンは逃げ出すが、閉まりかけた内側の扉に腕を挟まれ、その腕をもぎ取られる。負傷したエイリアンは逃げる際にパーカーを突き飛ばし、リプリーがエアロックに到着するが、エイリアンの血液が船体に小さな穴を開け、その区画は一時的に減圧される。安全隔壁が閉まり始めるが火炎放射器のボンベに引っかかって止まり、鼻と耳から出血したリプリーが意識を失う前に何とかそれをどける。酸素で意識を取り戻したリプリーは、アッシュがエイリアンを守るために警報を鳴らしたと確信し、再びマザーにアクセスして証明しようとする。これがアッシュがリプリーを閉じ込めて襲うシーンにつながる(彼女の鼻血は減圧の後遺症という設定だった)。ノストロモ号のブリッジのショットは撮影されたが、シーンの残りは時間の制約により断念せざるを得なかった。
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当初の脚本では、リプリーがニュートを探す途中、発電所で繭に包まれたバーク(ポール・ライザー)に出くわす。バークは体内にチェストバスターがいると感じると訴えて助けを求めるが、リプリーは生きた手榴弾を渡してその場を去る。このシーンは制作班の第2ユニットが撮影し、リプリーが2本目のフレアを使った直後、距離計がゼロを指すことに気づく直前に入る予定だった。リプリーがニュートを解放し、立ち去る際に突然の爆発に驚かされる場面は、本来バークの手榴弾が爆発した音だった。しかしジェームズ・キャメロンは映像的に気に入らず、またバークが拉致されてからそんなに早く寄生されるはずがないと考えて劇場版からこのシーンをカットし、バークが自爆したことを隠すため突発的なリアクター爆発のショットを数カット挿入した。このシーンはスペシャル・エディションの追加シーンにも含まれなかったため、数十年間、存在の証拠は雑誌に掲載された1枚のスチル写真だけだった。ついに本作のBlu-ray特典映像で全編が公開された。
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1985年5月30日に提出された最初の脚本草稿は最終作品にかなり近かったものの、この版にあったいくつかのシーンは最終作品で削除または変更された。ただしその大半はアラン・ディーン・フォスターのノベライズには残っている。以下がそれらである: * リプリーの悪夢はかなり血なまぐさく、チェストバスターが一瞬映る。 * リプリーとバークが取締役会の最終決定を外で待ち、リプリーは自分が狂っていると思われていると確信する。 * ジョーダン一家が言い争う長めのシーン。どうやらニュートとティミーは施設内でよくかくれんぼをしており、彼女はそれを「Monster Maze」と呼んでいる。 * コロニアル・マリーンズがハイパースリープから目覚めた後、スラコ号内での男女共用シャワーシーン。(このシーンはシガニー・ウィーバー、ジェネット・ゴールドスタイン、コレット・ヒラー、シンシア・デイル・スコットがヌード出演を拒否したため取りやめになった)。 * リプリーがマリーンズへのブリーフィングでフェイスハガーについてより詳しく説明し、フェイスハガーを「歩く性器」と呼ぶと、ハドソンが「お前みたいだな、ヒックス」と返す。 * LV-426に近づく際、ゴーマンがコロニーからの通信は一切ないことを再確認する。 * 惑星には大気処理ユニットが30基あり、最終作品では1基だけである。 * コロニー複合施設の最初の捜索には入植者たちの居住区も含まれる。 * ぶら下がった天井の破片がモーショントラッカーを作動させる(映画ではハムスター)。 * ゴーマン、バーク、ビショップがコロニーに入るとき、リプリーはAPCを離れることができず、装甲車内に一人で座りに戻る。しかし、一人でいる方がさらに悪いとすぐに決心し、他の者を追って外へよじ登るが、コロニーのアクセスロックが彼女の目の前で閉まり、外に閉じ込められてしまう。開けることも中の者に知らせることもできずパニックになり始めたとき、突然ウィエルツボウスキーが背後に現れて彼女を驚かせる。謝罪しながら、この兵卒はヒックスに彼女を「見張る」よう頼まれたと明かし、その後ドアを開けて2人とも中に入れる。 * ゴーマンがバークに、会社はコロニーの持ち分を切り捨てられると告げ、バークはとにかく保険がかけられていると返す。 * リプリーがニュートの友達になると申し出るが、ニュートはリプリーもすぐに死ぬと思い断る。 * ニュートはMonster Mazeをとても上手に遊んでいたのでエイリアンから逃れられたと説明する。 * エイリアンの巣の樹脂には家具や電線、人間の骨が含まれている。 * エイリアンの攻撃の際、アポーンはゴーマンの命令を無視してライフルの弾倉を返す。 * 脱出の際、ゴーマンはエイリアンに刺されて意識を失い、APCからほとんど引きずり出されそうになる。ヒックスは銃塔を使って屋根からエイリアンを撃ち落とす。 * バークはエイリアンの重要性をより強く強調し、協力すればリプリーに高い取り分を提示さえする。 * ニュートが正式にリプリーに自分の母親になるよう申し出て、リプリーはその考えを気に入る。 * ビショップが、ゴーマンの緊張症はエイリアンの毒針による神経筋毒素が原因だと明かす(映画ではエイリアンの血が酸化によって無害化されるという発見に置き換えられた)。 * ビショップはまた、クイーンは大きな腹部を持ち、基本的な知能を備えていると予測する。 * 最初のセントリーガン攻撃の後、モーションセンサーがエイリアンがドアを破って複合施設に侵入したことを示す。 * ビショップがトンネルを這っているときにエイリアンと遭遇する(このシーンは最終脚本にもあったが、劇場公開版にもスペシャル・エディションにも入っていない)。 * ゴーマンがバスケスにまだ自分を殺したいかと尋ね、彼女はその必要はないと答える。 * 2機目のドロップシップが、ビショップの遠隔操作でスラコ号を離れる前に給油する。 * ヒックスが溶接機を使ってダクトを整備通路へと開ける。そこからニュートがシュートに落ちる。リプリーも続くが、別のシュートに入る。 * 卵の部屋には戦士エイリアンの小さなアルビノ版がいて、卵を運ぶ。 * 最初の草稿には、リプリーが繭に包まれたバークを見つけ、自殺用に手榴弾を渡すシーンも含まれていた。これは撮影されたが、映画のどのバージョンにも収録されていない。
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シガニー・ウィーバーは当初、リプリー役を再演することに非常に躊躇していた(もっとも、これは俳優が報酬を上げるために使う交渉術であることが多い)。彼女は続編のオファーをフォックス・スタジオから何度も断っており、自分のキャラクターがおざなりに書かれ、質の低い続編がエイリアン (1979)の遺産を傷つけることを恐れていた。しかし、ジェームズ・キャメロンの脚本の質の高さ、特にリプリーへの強い焦点、彼女のキャラクターとニュートの母娘の絆、そしてキャメロンが彼女のキャラクターを書いた驚くべき精密さに感銘を受け、ついに出演を承諾した。もちろん、キャメロンが映画を短縮するために、バークがリプリーに娘の死という悪い知らせを伝えるシーンをカットしなければならなかったときは失望した。ウィーバーはそのシーンがあればニュートとの母娘の絆の輪が完成したはずだと感じ、このシーンの削除がプレミアで映画を心から楽しめなかった原因だと語った。しかし、このシーンは後にスペシャル・エディションで復活した。
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長尺の「スペシャル・エディション」では、なぜリプリーがニュートに対して保護的な母親になるのか、そしてなぜクライマックスが実際には2人の母親、リプリーとクイーン・エイリアンの戦いなのかが明確に説明されている。2人とも自分の子供を守ろうとしているのだ。
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シガニー・ウィーバーがリプリー役を勝ち取ったスクリーンテストは、彼女の最後のシーンでのスピーチだった。
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本作の続編エイリアン2 (1986)でのリプリーの査問会の際、彼女の背後に会社がかつての同僚について持つファイルが映し出される。ランバートのファイルには、彼女が男性として生まれ、生後ほぼ直ちに女性へと移行したことが記されている。
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作中でファーストネームが明かされないキャラクターの多くは、実は演じた俳優と同じファーストネームを持っている。例えばアル・エイポン軍曹（アル・マシューズ）、コレット・フェロ伍長（コレット・ヒラー）、ジェネット・バスケス上等兵（ジェネット・ゴールドスタイン）、マーク・ドレイク二等兵（マーク・ロルストン）、ウィリアム・ハドソン二等兵（ビル・パクストン）、ダニエル・スパンクマイヤー二等兵（ダニエル・カッシュ）、リコ・フロスト二等兵（リコ・ロス）、トレヴァー・ウィアズボウスキー二等兵（トレヴァー・スティードマン）、ランス・ビショップ（ランス・ヘンリクセン）、そしてポール・ヴァン・ルーウェン監督（ポール・マクスウェル）である。しかしゴーマン中尉（ウィリアム・ホープ）は「ウィリアム」ではなく「スコット」と呼ばれている。またC・ディートリッヒ伍長は、演じるシンシア・デイル・スコットにちなんで「シンシア」と名付けられる予定だったが、ディートリッヒという名前と同じくスコットもドイツ系であることから「カーラ」を選んだ。スペシャル・エディションの追加シーンで明かされるように、ヒックス伍長（マイケル・ビーン）のファーストネームは「マイケル」ではなく「ドウェイン」、リプリー（シガニー・ウィーバー）のそれは「シガニー」ではなく「エレン」である。後者は脚本・監督のジェームズ・キャメロンの発案ではなく、エイリアン（1979）の脚本・製作を手がけたウォルター・ヒルが同作のIDカード用にファーストネームを必要とした際、自身の母親のミドルネームをリプリーのファーストネームとして使ったのだ。
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海兵隊員を演じるキャスト全員は、撮影前の2週間、元S.A.S.兵士のティップ・ティッピング（後にクロウ二等兵を演じる）と元海兵隊軍曹のアル・マシューズ（後にエイポンを演じる）による過酷なブートキャンプで訓練を受け、その振る舞いと仲間意識を本物らしくした。シガニー・ウィーバー、ポール・ライザー（バーク）、ウィリアム・ホープ（ゴーマン）はこの訓練に参加も見学もしなかった。監督のジェームズ・キャメロンが、この3人と海兵隊員たちとの間に距離感を生み出すのに役立つと考えたためだ。この3人が演じるキャラクターはいずれも分隊にとっての部外者であり、リプリーはLV-426への道中で海兵隊の助言役、バークは金銭的な理由だけで同行し、ゴーマンはほとんどの海兵隊員より経験の浅い昇進したての中尉だった。マイケル・ビーンも、撮影開始から1週間でジェームズ・レマーに代わって起用されたため、ブートキャンプには参加していない。
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（約49分）リプリーは、フェイスハガーが生きている間に酸を流すことに触れ、死んだら何をしでかすか恐れる。これは脚本の初期稿を反映しているのかもしれない。そこでは死んだフェイスハガーの皮膚が溶け、酸が床に滴り船体を食い破る前に、乗組員が辛うじて船外へ放り出すという展開だった。
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ダラスとリプリーのセックスシーンは、ブレットがモーショントラッカーを紹介する直前に脚本に組み込まれ、長期間の禁欲を乗組員がいかに気軽に解消するかを示すものだった。これに関連するもう1つの描写が、リプリーがランバートにアッシュと関係を持ったことがあるか尋ねる削除シーンである。トム・スケリットは後に、このシーンの必要性についてサー・リドリー・スコット監督と話し合ったと語っている。物語に何も加えず、映画の流れを妨げるだけだと考えたのだ。スコットも同意し、セックスシーンは結局撮影されなかったが、乗組員が気軽に性行為に及ぶというアイデアはプロメテウス（2012）で復活させた。
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（約42分）42分あたり、まだフェイスハガーに覆われたケインの医療スキャン結果をまとめる中、カメラは自分の作業場にいるアッシュに焦点を合わせる。彼はX線かそれに類するスキャン画像を調べており、そこには発育中の胎児の頭と目がはっきりと映っている。この胎児はやがてチェストバスターとなり、さらに後のエイリアンとなって他の乗組員を殺すことになる。つまりアッシュはケインの体内で何かが育っていることを把握しており、いずれそれが飛び出すと予想している可能性が高い。その少し後、作業中のアッシュをリプリーが驚かせ、彼は彼女に見られないよう慌ててモニターを消す。2人の会話の中で、彼は技術的には正しいものの、エイリアンを止めるには役立たない曖昧な答えを返す。話しながらリプリーが顕微鏡を覗こうとすると、彼はすぐに「それはやめてください」と言い、彼女はやめる。これにより彼女は彼のサンプルを見たり、有益な情報を得たりするのを防がれた可能性がある。彼女が去った後、アッシュは牛乳のような白い液体を飲むが、これは後にエイリアンの世界のアンドロイドのシステム内を流れる循環液（「血液」）と同じものだと明かされる。物語の後半でアッシュが殺されると、損傷した内部システムからこの液体が切断された首から噴き出す。フェイスハガーがケインから離れると、アッシュは何が待っているかを伝えずにダラスとリプリーを医療ベイへ呼び寄せる。中に入ると2人は外れたフェイスハガーを探し始めるが、まだ2人が中にいるうちにアッシュがボタンを押して扉を封鎖する。結局フェイスハガーはすでに死んでいたものの、これはアッシュがまだ生きていると考え、ダラスとリプリーを不意打ちで医療ベイへ来させ、フェイスハガーに出くわすかもしれないと狙ったことを示唆する。アッシュは生き物ではないため、これによってフェイスハガーが人間の宿主にどう反応するかを観察し、さらにはより多くの人間を寄生させられた可能性もある。扉を閉めればフェイスハガーの逃走は防げるが、同時に生きたフェイスハガーからダラスとリプリーが容易に逃げることもできなくなる。また夕食のシーンでも、アッシュがケインの真向かいに位置し、今にもチェストバスターが飛び出すかのようにじっと見つめているのが分かる。
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ジェームズ・キャメロンは、この映画をアメリカのベトナム戦争介入の寓話として書き、海兵隊員は米国の保守強硬派を、ゼノモーフ（エイリアン）はベトナム人を表している。Screenprismのインタビューでキャメロンはこう語った。「彼らの訓練と技術はこの特殊な状況には不適切であり、それはベトナムで見えない敵を制圧できなかったアメリカの圧倒的な火力の無力さに似ている。大量の火力とごくわずかな知恵、そしてそれはうまくいかなかった」。キャメロンはまた、リプリーを心的外傷後ストレス障害を抱える退役兵士になぞらえている。彼らは目撃した恐怖にもかかわらず、なぜか真っ先に戦地へ戻る者たちだからだ。
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リプリーがなぜ猫のジョーンズのために戻るのかと問われたサー・リドリー・スコットは、「自分の犬のためなら戻るかって？もちろんさ」と答えた。
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メイキング本の1冊によると、エイリアンはリプリーを追って救命ボートに入り殺そうとしたのではなく、静かに死ぬ場所を探していたのだという。リドリー・スコット監督は実際に、作中でエイリアンの色がほぼ半透明の灰色から濃い黒へと変化し、それが生物の老化と死の過程を表していると述べている。これにより、エイリアンがすぐにリプリーを追って殺さず、彼女が追い出そうとした時だけ襲いかかる理由も説明できる。当初、エイリアンは減圧にもリプリーの銛にも耐え、シャトル内に戻ってリプリーを即殺する設定だったが、スタジオはそんな結末を許可しなかった。新たな結末は絵コンテ化され、リプリーとエイリアンの両方が外へ吸い出され、リプリーは命綱で固定され、エイリアンはその端にしがみつくというものだった。エイリアンの頭を銃で撃っても効かず、彼女は這うように戻ってハッチを閉めるが、エイリアンが追ってきてハッチを引っかき始めるため、リプリーはエンジンを点火し、エイリアンは宇宙へ弾き飛ばされて爆発する。予算と時間の制約から、これは本編で見られる結末に変更されたが、主人公が船外でワイヤーにぶら下がるアイデアは45年後の続編エイリアン: ロムルス (2024)で再利用された。
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当初の編集版は約150分に及び、商業的にリスクがあった。ジェームズ・キャメロンはどう短縮すべきか迷っていた。場当たり的にシーンを縮めても数分しか稼げず、作品が慌ただしく感じられるだけだったからだ。プロデューサーのゲイル・アン・ハードが最終的に、リプリーの娘への言及や、コロニーと難破船での序盤のシーンなど、いくつかのシーンを丸ごとカットすることを提案した。キャメロンは後者を切るのをためらった。オリジナル作品と直接つながる唯一の場面だったからだ。しかし後にハードが正しかったと悟る。これらのシーンは筋を損なわずに削れ、削ることで作品はきれいに135分未満に収まった。これらのシーンはすべて、6年後に制作されたスペシャル・エディションで復活している。
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本作のエイリアンは、背中の有機的なパイプがなくなっている点と、唇がよりはっきりしている点で過去の個体と異なる。また、本作での宿主である犬（拡張版では牛）のように主に四つ足で動くのに対し、最初の2作のエイリアンは人間のように直立して歩く。これは、エイリアンが常に自種の遺伝子と育った宿主の遺伝子を融合させたハイブリッド生命体であるため、最初の2作の個体と見た目や行動が同じではないことを示唆している。これは4作目のエイリアン4 (1997)で逆転し、リプリーがクローン化によってゼノモーフの特徴を備えることになる。
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(約2時間10分の地点) 映画の終盤、リプリーが船のエアロックの扉を閉めるために操作パネルで押すボタンは、実は英国式のスロットマシン、いわゆる「ワンアームド・バンディット」の「Hold」ボタンである。
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映画の終盤、リプリーがリフトに持ち込むポーチは、英国軍の呼吸器用ハバーサックである。
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リプリーがシャトルの起動手順を進める中、モニターに「Environmental CTR Purge」の画面が一瞬映る。同じ画面はブレードランナー (1982)で、ガフがデッカードを飛行警察車でブライアントのところへ連れて行く際にも登場し、これがエイリアンとブレードランナーは同じ架空の世界を舞台にしているという説を裏付けるものとなった。リドリー・スコット監督もこの説を支持している。
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本作の舞台は2179年である。これは、バークからコロニーへの通信についてリプリーが語る6/12/79という発言に由来する。世紀は明示されていないが、1995年刊行の設定資料集「Aliens: Colonial Marines Technical Manual」がエイリアン (1979)と本作の両方を22世紀と設定した。エイリアン (1979)の出来事はその後、遡及的に正史として2122年、すなわちエイリアンの57年前と年代が定められている。
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なぜリプリーが映画冒頭の調査で特別命令937号に触れないのか、人々は疑問に思ってきた。この命令はウェイランド・ユタニ社がUSCSSノストロモ号の科学士官アッシュに下したもので、ノストロモ号が遭遇したゼノモーフの標本を保護し、分析のために生きたまま持ち帰るという内容だった。ノストロモ号の乗組員は全員が犠牲を許容されていた。つまりリプリーはエイリアン (1979)の終盤で、会社が偽りの名目でエイリアンを持ち帰らせるため自分を自殺任務に送り込んだことを知ったのだ。しかし彼女が帰還後に会社から調査を受け、死亡者全員と船の破壊の責任を事実上彼女に負わせられても、特別命令937号を持ち出さず、自分たちが違法な自殺任務で何人もの人命を犠牲にしたことを思い出させることもない。見落としやすいが、リプリーは実際にこの命令に短く触れている。ノストロモ号がLV-426に「不明な理由で」着陸したという発言に対し、彼女は「あの生物を手に入れるために会社の命令で着陸したんです。その生物が私の乗組員と、あなた方の高価な船を破壊したんです」と返している。しかし会社の代表者たちはすぐに、リプリーの判断力を疑うことでその含意をかわし、あの生物が船内にいた証拠はないと述べ、そもそも彼女が生物入手の秘密命令を見たなどという考えをすぐに打ち消してしまう。どうやらフライトレコーダーは命令の詳細を裏付けられないため、会社は命令が発せられたこと自体を簡単に否定できた（仮に発令されていたとしても、当時の権力者たちはとうに世を去り、もはや責任を問えない）。だからこそリプリーは再び会社と手を組まざるを得ず、会社は非倫理的な重役バークを通じて再び特別命令937号を実行するのだ。
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オリジナルの4部作（したがってPrometheus (2012)とAlien: Covenant (2017)は除く）の中で、リプリーがカウントダウンに続く爆発で破壊される場所から脱出しなくて済む唯一のエイリアン映画である。冒頭で運命づけられた船スラコ号から死を免れるが、彼女は冷凍睡眠中でカウントダウンもなく、船が爆発する様子も描かれない。さらに、彼女が宇宙空間に吸い込まれそうになる減圧シーンがない唯一の作品でもある。
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(約26分、エクステンデッド版のみ)リプリーにクイーン・エンブリオを宿す改良型フェイスハガーが設計・製作され、より暗い色の防御板と指の間の水かきが備わっていた。これはおそらく、EEVの墜落後に岸へ泳ぎ着く設定だったH.R.ギーガーの未使用デザイン「水生フェイスハガー」を基にしたものだ。このクリーチャーは劇場版ではカットされたが、エクステンデッド版のアッセンブリー・カットでは、2人の受刑者が死んだ牛について話すシーンに一瞬登場する。
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本作の製作がゴーサインされたのは、ヴィンセント・ウォードとジョン・ファサーノによる、アルセオンと呼ばれる人工建造の木製小惑星のコンセプトだった。エイリアンがスラコを襲いヒックスとビショップを殺した後、リプリーとニュートは救命艇で脱出するが、アルセオンの人工湖に不時着する。リプリーは救われるが、ニュートは溺れて姿を消す(同行していたエイリアンが彼女を連れ去る)。小惑星の住民は宗教教団で、地球のコンピュータデータを大量に消去したコンピュータウイルス「新たな疫病」の後に大規模に拡大した。これらの反体制派の修道士たちはウェイランド・ユタニの現代技術をすべて拒否し始め、そのため70年前に地球から自発的に追放された(「政治的な異端者」として)。彼らは小惑星の内部に巨大な木造の修道院を建て、中世的な生活を送っていた。リプリーは修道院長にエイリアンの警告を試みるが、院長は彼女の話を疑い、数十年前に生態系の崩壊が地球を破壊し、今は終末後の暗黒時代を生きていると信じていた。リプリーは自室に軟禁され、ジョン修道士という1人の修道士だけが彼女に同情的だった。ほどなく羊からエイリアンのチェストバスターが現れ、修道士たちはこの羊とエイリアンの混成体を殺すが、この「悪魔」を招いた「疫病」の責任をリプリーに負わせる。彼らはエイリアンの存在を信じることを拒みながら彼女を投獄し、やがてエイリアンが便所で修道士を殺す。カモフラージュ能力を備えたこのクリーチャーは無数の人々を追いかけて殺し始め、修道院長はその酸の血が修道院の建物や小麦畑を燃え上がらせるのを恐怖とともに見守る。独房の中でリプリーはエイリアンに関する悪夢、レイプされ半人間・半エイリアンの混成体を宿すことへの恐怖、そして生存者の罪悪感に苛まれながら娘の幻覚を見る。彼女は廃棄されたが役に立つシンセティックのアンソニーと出会い、ジョンが訪れて彼らの脱出を助ける。彼らは共に、このエイリアンはクイーンではなく「キング・エイリアン」で、フェイスハガーなしで自力でチェストバスターを植え付けられるのではないかと推測する。そしてリプリーは自分の中にも1体いることに気づく。エイリアンはレイプによって植え付けたに違いなく、彼女は覚えていないが、それが悪夢の説明になる。彼らは小惑星内部の機械室へ向かう途中で修道院長と合流する。そこは重力、真水、8フィートの厚さの大気を生み出す場所で、彼らは武器を探すことを望む。入る前にエイリアンが襲いかかり、アンソニーに致命的な損傷を与える。中に安全に入ると、彼らは風車とポンプを発見するが、それは既存の空気と水を循環させるだけのもので、修道士たちは酸素不足でゆっくり死ぬ運命にあったこと、火災と作物の焼失がその過程を早めたことが分かる。修道院長はこの「死刑宣告」を長く認識し受け入れていたが、チェストではなく頭からヘッドバスターが突然飛び出して死ぬ。リプリーとジョンはスラコの救命艇で脱出することにするが、その途中でエイリアンが再び現れ、アンソニーの死体をリプリーに投げつける。これは彼女がクイーンにしたことの「種族の記憶」を持っていることを示し、他の全員を殺しながらリプリーだけを助けて妊娠させることで苦しめる。図書館での最終決戦で、エイリアンは崩落する床から下の溶けたガラスの熱い槽に落ち、リプリーが水をかけると砕ける。彼女はアルセオンに残って死ぬことを選ぶが、ジョン修道士が彼女に「悪魔払い」を行い、エイリアンの胚を喉から彼自身の中へ押し込む。そして彼は燃える畑へ歩いて行き、自分と胚を死なせる。リプリーはついに救命艇で地球へ戻り、運命づけられた小惑星を後にする。シガーニー・ウィーヴァーは脚本に感銘を受けなかったものの、犠牲のシーンは気に入り、リプリー自身が関わるバージョンを求めた。しかしスタジオとプロデューサーは、宇宙空間に木製の惑星全体があることの論理と妥当性、そしてプリプロダクション中のセット建設費の高騰に疑問を持ち始める。ウォードは計画の規模を縮小するよう強く求められた後、プロジェクトを離れた。しかし彼のアイデアの多くが最終脚本に引き継がれたため、彼はストーリー・クレジットを得た。
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(約5分)映画の約5分のところで、クライオチューブに横たわるリプリーが映り、その後シーンは地球の映像へフェードする。その地球はリプリーの顔のシルエットにぴったりと重なる。
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デヴィッド・フィンチャー監督が激しく批判された物議を醸す決定の多く(エイリアンの卵が不可解にもスラコに搭載されていること、ニュート、ヒックス、ビショップが冒頭シーンで全員死亡すること)は、実はヴィンセント・ウォードとジョン・ファサーノによる初期稿の脚本に由来し、その後の書き直しでも残っていた。脚本は、見落とされていたエイリアンの卵がスラコ内で孵化し(どうやってそこに来たかは説明されない)、続いてエイリアンが船内に侵入し(どこから来たかは説明されない)、ビショップとヒックスを殺すところから始まる。船はリプリーとニュートを起こし、間一髪でEEVで脱出するが、海に墜落する。リプリーは救われるが、ニュートは溺れたとされ、遺体は見つからない(密航していたエイリアンが連れ去ったため)。他の者たちを殺すことについてウォードの動機は、リプリーを「喪失に苦しみ、その後の個人的な贖罪を求める人物の心境」に置くことだった。また彼はニュートを「ちょっと私をイライラさせた」ため、排除したかったとも語っている。
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約10分、エクステンデッド版のみ:削除されたシーンで、リプリーの娘の肖像画はシガーニー・ウィーヴァーの実の母親であるエリザベス・イングリスのものだった。これはディレクターズ・カットで復元された。
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（約1時間30分のところ）ニュートとリプリーがメドラボに閉じ込められた頃、スプリンクラーを作動させたリプリーは2体のフェイスハガーのうち1体に襲われる。フェイスハガーはテーブルの脚から飛び降りて彼女の首に尾を巻きつける。このシーンを撮るため、監督のジェームズ・キャメロンは特殊効果チームに、基本的には引っ張り玩具で、引っ張られながら手足が歩くように動く仕掛けを備えたフェイスハガーを設計させた。リプリーに向かって跳んでいるように見せるため、キャメロンはそれをテーブルの脚に据え、後ろ向きに引っ張りながら撮影。その後フィルムを逆再生に編集し、クリーチャーがリプリーへ向かって進んでいるように見せた。スタッフはこの場面全体で水が降り注いでいるため、逆再生すると水が下ではなく上へ動くのが分かってしまうのではと懸念したが、幸い水は落下方向が分かるほどはっきり映っていなかった。
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リプリーが自身の体内にエイリアンの胚を宿していることに気づく展開から、オープニングのモンタージュでフェイスハガーに襲われたのは彼女だと示唆されるが、最終撮影台本とコミカライズ版では実際にそれが起きたのはニュートだと確認されている。これはオープニングのクレジット中にほんのりと示されるだけだ。フェイスハガーがニュートの冷凍ポッドを襲ってひび割れさせるのが見え、スキャナーが人に取りついたフェイスハガーを映し出すとき、リプリーはけいれん状態で映るが、明らかにフェイスハガーに襲われてはいない。後にニュートのポッドに酸の焼け跡が見つかり、リプリーのポッドではない。EEVが不時着した後、ニュートは意識を保ったまま助けを求めて泣きながら溺死した。彼女の死後、エイリアンの胚は彼女の口から這い出て、きちんと成長するには生きた宿主が必要なためリプリーのポッドへ泳いでいった。それはリプリーの口を開け、喉に無理やり入り込んだ（目覚めたときに喉が痛む理由である）。意識を失っている間、リプリーはEEV内の自分のポッドにいるニュートを見つける悪夢を見る。ニュートは突然上体を起こしてエイリアンの粘液を吐き出し、その後クイーンの胚がニュートの口から押し出てくる。これらの場面は絵コンテにはあったものの、クリーチャーが宿主を乗り換える効果をリアルに描けなかったため撮影されなかった。劇場版ではこの背景設定がさらに混乱する。リプリーの冷凍ポッドは射出前に不可解なほどすでに壊れている一方、ニュートのポッドは後に無傷で現れるからだ。どうして彼女がフェイスハガーに襲われて溺れ、リプリーが生き残ったのかという疑問が生じる。これはエクステンデッド版でいくらか解消される。クレメンスが岸辺で泥とシラミにまみれた半ば溺れたリプリーを見つける場面があり、壊れた冷凍ポッドに流れ込んだ水が彼女を目覚めさせたことがうかがえる。これにより、劇場版でリプリーがEEV内ではきれいなのに、クレメンスが医務室へ運び込むときには汚れているという連続性の誤りも修正される。（後に正史から外された）ゲームAliens: Colonial Marines（2013）（拡張「Stasis Interrupted」）はこの背景設定を無視し、フェイスハガーが実際にリプリーの冷凍ポッドを襲って彼女の顔に取りついたと描く。火災は誰かが誤ってフェイスハガーを撃ち抜いた弾丸によって起きたのだ。
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悪名高いウェイランド・ユタニ社は、危うく本作に登場しないところだった。ジェームズ・キャメロンの初期ストーリー・トリートメントでは、リプリーがハイパースリープ中に会社は別の複合企業に買収されており、キャラクターのカーター・バーク（ポール・ライザー）も存在しなかった。そのため海兵隊の捜索救助任務は、エイリアンの標本を密かに手に入れるための会社の隠れ蓑ではなかったはずだ。完成した本作と続編のエイリアン3（1992）では、会社は真の悪役と見なせ、タイトルにもなっているエイリアンは直接の敵役である。